Quân nhà Nguyên sang đánh An nam tuy thua hai ba phen thật, nhưng thế nhà Nguyên vẫn mạnh lắm, mà nước Nam ta sánh với nước Tàu lại là một nước nhỏ mọn, cô lập một mình, không nương tựa vào đâu được; nếu cứ tranh chiến mãi thì sự thắng bại chưa biết ra thế nào, mà muôn dân lại phải lầm than, khổ sở. Vì những lẽ ấy, cho nên đến tháng mười năm mậu tí (1288) vua Nhân tông sai quan là Đỗ thiên Thứ sang sứ nhà Nguyên, xin theo lệ cống hiến như xưa.
Nguyên chủ thấy quân mình thua mấy lần rồi, trong bụng cũng nản, cho nên cũng thuận cho thông hòa.
Tháng hai năm kỷ sửu (1289) Nhân tông sai quan đưa bọn tướng Nguyên bị bắt là Tích Lệ, Cơ Ngọc về Tàu. Còn Phàn Tiếp vì lo mà thành bệnh chết, vua sai hỏa táng, rồi cấp người ngựa cho vợ con đem hài cốt về nước. Các đầu mục cũng tha cho về cả. Duy có Ô mã Nhi giết hại nhiều người, vua căm tức vô cùng, không muốn tha về, nhưng lại ngại đường hòa hiếu, bèn dùng mưu của Hưng đạo vương sai người đưa đi đến giửa bể, đánh đắm thuyền, cho chết đuối, mà Nguyên triều cũng không trách vào đâu được. Về sau vua Dực tông bản triều nhà Nguyễn xem đến chỗ này, có phê bốn chữ: "bất nhân phi nghĩa". Tưởng lời phê ấy cũng là chính đáng.