Tháng tư năm kỷ sửu (1289) mới định công, phạt tội. Bao nhiêu những vương hầu đi đánh giặc Nguyên có công đều được thăng trật cả, còn các tướng sĩ khác họ mà ai có công to thì cho quốc tính. Nguyễn Khoái được phong tước hầu, cho ăn lộc một làng Khoái lộ (tức là phủ Khoái bây giờ); Phạm ngũ Lão được thăng làm Quản Thánh dực quân. Các chúa Mường mà có công đem dân binh ra cự giặc cũng được phong hầu.
Vua lại sai văn thần ghi chép công trạng của các tướng hợp biên làm quyển sách gọi là Trung hưng thực lục và lại sai thợ vẽ tranh các tướng để treo ở gác công thần.
Định công xong rồi mới xét đến tội những người hàng giặc. Khi quân Nguyên đang cường thịch, triều thần lắm kẻ hai lòng, có giấy má đi lại với giặc. Sau giặc thua chạy về bắc, triều đình bắt được tráp biểu hàng của các quan. Đinh thần muốn lục ra để trị tội, nhưng Thượng hoàng nghĩ rằng làm tội những đồ tiểu nhân cũng vô ích, bèn sai đem đốt cả tráp đi, cho yên lòng mọi người. Duy những người nào quả thực là hàng với giặc, thì mới trị tội; hoặc đem cày, hoặc xử tử. Vì thế bọn Trần Kiện, Trần văn Lộng tuy đã chết rồi, nhưng con cháu phải tước họ tôn thất đổi ra họ Mai. Còn Trần ích Tắc, thì vua nghĩ tình cận thân không nở bỏ họ, nhưng phải gọi là ả Trần, nghĩa là bảo nhút nhát như đàn bà vậy.
Những quân dân thì được thứ tội cả, duy có hai làng Bàng hà, Ba điểm trước hết theo giặc, cả làng phải đồ làm binh lính, không khi nào được làm quan.
Thưởng công, phạt tội xong rồi, Thượng hoàng về phủ Thiên trường, đến tháng năm, năm canh dần (1290) thì mất. Nhân tông sai sứ sang cáo tang và xin phong.