Chùa Quốc Ân được xây dựng vào năm 1684 tại lãnh vực của chúa Nguyễn ở Đàng Trong. Lúc đầu ngôi chùa nầy có tên là Vĩnh Ấn, cho đến năm 1689 thì chúa Nguyễn Phúc Trăn đã phê chuẩn miễn thuế hoàn toàn cho ngôi chùa nầy, lại giúp để tu tạo thêm và ban cho chùa một bức hoành phi có những chữ Sắc Tứ Quốc Ân Tự.
Nếu đem so sánh chùa Quốc Ân với những ngôi chùa khác trong vùng cố đô Huế thì đây là ngôi tổ đình danh tiếng vào bậc nhất, lại có những ảnh hưởng sâu xa trong lịch sử truyền thừa Phật Giáo ở vùng Đàng Trong, trải qua nhiều thế hệ và nhiều thế kỷ trong lịch sử cận đại của Phật Giáo. Chùa nầy xây cất trên quy mô rộng lớn, uy nghiêm, trải qua nhiều suy thoái, đã được trùng tu nhiều lần, nhưng đến nay vẫn không mất hẳn những nét cổ kính đặc thù cùa ngôi chùa, dù thời gian và chiến tranh đã phá hủy đi khá nhiều.
Vị tổ khai sáng của ngôi chùa danh tiếng nầy là Hoà Thượng Nguyên Thiều, một cao tăng từ Trung Hoa sang truyền giáo tại Việt Nam vùng Đàng Trong. Ngài sinh năm Mậu Tý tức 1648 quán tại vùng Hà Châu, tỉnh Quảng Đông, Tháng năm năm 1677, ngài đi theo những tàu buôn của những thương gia Trung Hoa sang Việt Nam tại vùng Đàng Trong, đến phủ Quy Ninh thuộc Bình Định và xin phép chính quyền lập chùa giảng kinh tại đây.
Vào khoảng tháng chín năm 1682, ngài đến kinh thành Huế, và đã được chúa Nguyễn mời vào phủ chúa để giảng kinh trong ba tháng trời và tổ chức an cư kiết hạ tại một ngôi chùa gần phủ chúa. Sau đó ngài đến vùng Phú Xuân, xin phép chính quyền để lập chùa Quốc Ân.
Chùa hiện lưu giữ được nhiều tượng khí và pháp khí xưa quý từ thời khai sơn cho đến nay. Đó là bộ tượng Tam Thế Phật, tượng Phật Thích Ca được chú tạo vào khoảng năm 1851. Ngoài ra, chùa còn lưu giữ chiếc khánh đồng có hoa văn rất đẹp đúc từ thời Minh Mạng và nhiều pháp bảo, pháp khí khác như đại hồng chung, bia ký...