Chùa Vạn Phước hay còn gọi là Tổ Đình Vạn Phước được xây trên đỉnh núi Bình An, phường Trường An, thành phố Huế năm Thiệu Trị thứ 5 tức 1845. Chùa quay mặt về hướng Tây Nam, phía xa có núi Thiên Thai, phía trước có khe suối quanh năm nước chảy trong xanh, phía sau có ngọn Hàm Long làm hậu chẫm. Nơi đây được ví là nơi "đạo mạch khai quang, xương long Phật Tổ".
Chùa được phá thạch khai sơn vào năm 1845, ban đầu chỉ là một ngôi thảo am nhỏ, do Hải Nhận hiệu Lương Tri dựng để tĩnh tu. Về sau, vào năm Tự Đức nguyên niên tức 1847, thảo am trở thành chùa hiệu là Phổ Phúc Tự, do Ngài Hải Mẫn hiệu Quang Đức làm trụ trì.
Vào năm Bính Thìn tức 1916, trên cương vị trụ trì, sư Giác Hạnh đã mở cuộc Đại trùng tu và đổi tên Chùa Phổ Phúc thành "Vạn Phước Di Đà Tự", nhằm xiển dương Pháp môn Thiền - Tịnh song tu mà Bổn Sư của Ngài đã khởi xướng ở Tây Thiên Phật cung. Nhân dịp này, Triều đình nhà Nguyễn và Hoàng Thái Hậu Từ Cung đã Phê duyệt tấu chương của Thượng thư Nguyễn Đình Hoè, cho cung thỉnh Ba Pho Tượng Phật Tam Thế của Chùa Giác Hoàng đang cất giữ tại Diệu Đế Quốc Tự về Phụng thờ tại Chùa Vạn Phước.
Vào năm Canh Thìn tức 1940, ngôi Chùa Vạn Phước được Đại trùng tu lần thứ hai, với kiểu Chùa truyền thống Huế, dù kết cấu xây dựng bằng bê tông cốt sắt nhưng chùa vẫn đảm bảo tính mỹ thuật và trang nghiêm cổ kính. Từ đó Tổ sư Giác Hạnh đã giao chức vụ Trú trì cho Ngài Nguyên Quang - Tâm Hảo hiệu Huyền Khánh, là vị trưởng Pháp tử của Tổ sư kế vị trụ trì.
Từ khi Ngài Hải Nhận - Lương Tri chấn tích Khai sơn Am Phổ Phúc cho đến nay đã hơn 160 năm. Và kể từ khi Tổ Sư Tâm Cảnh hiệu Giác Hạnh khai kiến Tổ Đình Vạn Phước - Huế đến nay cũng đã gần 100 năm. Trong suốt thời gian ấy, cứ mỗi giai đoạn lịch sử, Tổ Đình Vạn Phước đã đóng một vai trò hết sức quan trọng trong sứ mệnh "Phụng sự Đạo Pháp và Dân tộc".