Ngôi chùa Ba Đồn tọa lạc bên đường Tam Thai, thuộc phường An Tây trên đường từ đàn Nam Giao đi về hướng Nam. Ngôi chùa nhỏ, nổi bật, vây quanh là những thảm cỏ xanh rì, bằng phẳng. Đó là ba khu mộ cải táng của những mồ mả không có thân nhân.
Năm 1803, để xây dựng Kinh thành Phú Xuân, vua Gia Long cho giải tỏa 8 ngôi làng ở bờ bắc sông Hương. Nhà cửa và mồ mả phải dời đi nơi khác. Những mồ mả không có người chịu trách nhiệm thì nhà nước cho dời lên tại vùng rừng mà ngày nay gọi là Xóm Hành thôn Tứ Tây thuộc xã Thủy An, thành phố Huế. Cồn mồ 8 làng ra đời. Năm Quí hợi tức 1803, tại Cồn mồ 8 làng, vua Gia Long cho dựng bia đá với nội dung 'Vua cho hợp táng những người không người thờ tự'. Dòng lạc khoản bên phải ghi 'Vì lẽ bức cận thành trì nên dời chôn tại đây'. Lạc khoản bên trái ghi 'Kính vâng mệnh khắc ngày 7 tháng 3 năm Quý hợi, tức là ngày 27.4.1803'.
Tiếp sau, khi xây dựng đàn Nam Giao và lăng Gia Long, các mồ vô chủ lại được dời đến tiếp tạo thành hai cồn mồ lớn nữa nằm về phía nam của cồn mồ của 8 làng. Ở mỗi cồn mồ đều có dựng bia và có nội dung từa tựa như bia Cồn mồ 8 làng.
Đến năm 1835, vua Minh Mạng cho lập một bàn thờ ở giữa trời tại cồn mồ 8 làng đề hằng năm nhà nước tổ chức cúng tế những cô hồn của 8 làng. Về sau cho dựng thêm hai đàn nữa để cúng tế những cô hồn của cồn mồ thứ hai và thứ ba. Dân chúng gọi ba cồn mồ có ba đàn hằng năm tế lễ đó là Cồn mồ Ba Đàn hay còn gọi là Ba Đồn.
Từ thời Gia Long, nơi đây đã có một cái miếu nhỏ được dựng lên để hương khói quanh năm. Sau này người dân ở đây xây lên ngôi chùa nhỏ ở đây đặt tên là chùa Ba Đồn để thờ cúng các vong linh đang yên nghỉ ở nơi này.