Đến tháng 10 năm tân sửu (1661) Trịnh Tạc cử đại binh và đem vua Lê vào đánh chúa Nguyễn: sai Trịnh Căn làm thống lĩnh, Đào Quang Nhiêu làm Tổng suất, Lê Hiếu và Hoàng Nghĩa Giao làm Đốc suất, Lê Sĩ Triệt và Trịnh Tế làm Đốc thị, đem binh sang sông Linh Giang rồi đến đóng ở làng Phúc Tự.
Quan Trấn thủ Nam Bố Chính của họ Nguyễn là Nguyễn Hữu Dật đóng ở làng Phúc Lộc chia quân ra đắp lũy, giữ vững mọi nơi, quân Trịnh đánh mãi mấy tháng không được.
Đến tháng 3 năm nhâm dần (1662), quân mệt, lương hết, Trịnh Tạc phải thu quân và rước vua về Bắc. Nguyễn Hữu Dật đem binh đuổi đánh đến sông Linh Giang mới thôi.
Năm ấy Thần Tông về rồi đến tháng 9 thì mất. Trịnh Tạc lập Thái tử là Duy Vũ lên làm vua tức là vua Huyền Tông. Huyền Tông làm vua được 8 năm thì mất. Trịnh Tạc lại lập Hoàng Đệ là Duy Hội lên làm vua, tức là vua Gia Tông.