Trước khi họ Mạc cướp ngôi nhà Lê thì quan chế vẫn theo như đời Hồng Đức, nhưng từ khi nhà Lê trung hưng về sau, chính quyền về họ Trịnh, cho nên quan chế có khác ít nhiều. Trước thì trên cùng có quan Tham tụng và quan Bồi tụng để coi việc chính trị, tức là giữ chức Tể tướng đời xưa, rồi đến các quan Thượng thư ở lục bộ.
Lục bộ là: Lại bộ coi việc thuyên chuyển các quan viên, việc thăng hàm thưởng tước, việc cách chức giáng trật, tức là coi mọi việc riêng về quan lại trong nước. Hộ bộ coi việc điền thổ và nhân dân, thuế khóa, lương tiền thu vào phát ra. Lễ bộ coi việc nghi lễ tế tự, việc học hành thi cử, việc áo mũ phẩm phục và phù ấn, việc làm chương làm biểu, việc đi sứ nước nọ nước kia, việc coi thiên văn, làm lịch, làm thuốc, bói toán, việc quan hệ tăng ni, đạo sĩ, việc âm nhạc ca xướng. Binh bộ coi các võ quan, quân lính và việc phòng bị biên giới v.v.... Hình bộ coi việc hình pháp, kiện tụng. Công bộ coi việc xây đắp thành trì, cung điện, cầu cống, đường xá, sông ngòi, rừng núi.
Đến năm mậu tuất (1718), đời vua Dụ Tông, Trịnh Cương lại đặt ra Lục phiên ở bên phủ chúa, cũng như Lục bộ ở bên nhà vua, để coi mọi việc chính trị.
Về việc võ bị thì trước có Ngũ phủ là: Trung quân phủ, Đông quân phủ, Tây quân phủ, Nam quân phủ, Bắc quân phủ. Mỗi một phủ đặt một Đô đốc phủ có quan tả hữu Đô đốc coi việc cả quân. Trong đời vua Thánh Tông, thì Thanh Hóa, Nghệ An thuộc về Trung quân; Hải Dương, An Bang thuộc về Đông quân; Sơn nam, Thuận hóa, Quảng nam thuộc về Nam quân; Tam Giang, Hưng Hóa thuộc về Tây quân; Kinh Bắc, Lạng Sơn thuộc về Bắc quân. Đến năm giáp thìn (1664) đời vua Huyền Tông, Trịnh Tạc lại đặt thêm chức Chưởng phủ sự và Thự phủ sự để coi hết thảy các quân.
Các quan chức thời bấy giờ, chia ra làm ba ban: văn ban, võ ban và giám ban. Theo thường lệ, thì chỉ có văn ban và võ ban mà thôi. Nhưng từ khi họ Trịnh giữ quyền bính và lại yêu dùng các nội giám, thường cho ra làm quan coi việc chính trị, cho nên mới đặt ra giám ban. Ban này đến cuối đời Cảnh hưng (1740 - 1786) mới bỏ.
Từ khi họ Trịnh cầm quyền, thì bên nhà vua gọi là Triều đình, bên phủ chúa gọi là Phủ Liêu. Phàm những việc chính trị và quân dân đều do bên phủ chúa định đoạt hết cả, cho nên người ta thường dùng Phủ liêu, chứ không mấy khi dùng chữ Triều đình, vì Triều đình chỉ có cái hư vị, chứ không có quyền gì nữa.
Sự kén chọn các quan lại thì lệ cứ mấy năm lại khảo hạch một lần, ai không xứng chức thì phải giáng xuống.
Khi nào quan viên về hưu trí thì được ăn dân lộc, như là quan nhất phẩm thì mỗi năm được 400 quan tiền dân lộc của bốn năm xã; quan nhị phẩm được 300 hoặc 250 quan của hai ba xã; quan tam phẩm được 250 hoặc 150 quan của một hai xã; quan tứ phẩm được 150 quan của một xã; quan ngũ phẩm được 100 quan của một xã.
Đời bấy giờ lại đặt ra một phép rất hay, như là cấm không cho các quan viên lập trang trại ở chỗ mình làm quan, bởi vì thường có nhiều người ỷ quyền thế mà hà hiếp lấy ruộng đất của dân, rồi nuôi những đồ gian ác làm tôi tớ, để quấy nhiễu mọi người, đến nỗi có nhiều nơi dân phải xiêu tán đi. Ấy cũng là một việc đỡ hại cho dân, và lại có thể giữ liêm cho quan vậy.
Nhưng về sau, từ đời Trịnh Giang trở đi, nhà chúa chơi bời xa xỉ, lại có nhiều giặc giã, phải tìm cách lấy tiền, đặt ra lệ cứ tứ phẩm trở xuống ai nộp 600 quan thì được thăng chức một bậc. Còn những người chân trắng mà ai nộp 2.800 quan thì được bổ tri phủ, 1.800 quan thì bổ tri huyện.
Như thế, hễ ai có tiền thì được quyền trị dân, chứ không cần có tài năng gì cả, thành ra cái phẩm giá của những người làm quan đời bấy giờ cũng kém dần dần đi.