Từ khi Nguyễn Hoàng về Thuận Hóa rồi, bề ngoài tuy vẫn chưa ra mặt chống với họ Trịnh, nhưng bề trong thì hết sức lo sợ phòng bị. Xem như năm quý sửu (1613), khi Nguyễn Hoàng sắp mất, gọi người con thứ 6 là Nguyễn Phúc Nguyên vào dặn rằng: "Đất Thuận, Quảng này bên bắc thì có núi Hoàng Sơn, sông Linh Giang, bên nam thì có núi Hải Vân và núi Bi Sơn thật là một nơi trời để cho người anh hùng dụng võ. Vậy ta phải thương yêu nhân dân, luyện tập quân sĩ để mà gây dựng cơ nghiệp về muôn đời." Xem lời ấy thì biết họ Nguyễn đã có ý muốn độc lập để chống với họ Trịnh.
Khi ở ngoài Bắc, Trịnh Tùng mất, chúa Sãi là ông Nguyễn Phúc Nguyên bảo các quan rằng: "Ta muốn nhân dịp này mà ra đánh họ Trịnh, nhưng hiềm vì công việc chưa xong, vậy thì hãy sai người ra phúng điếu, trước là cho phải cái nghĩa hôn nhân với nhau, sau là nhân thể xem tình ý ngoài Bắc ra thế nào."
Bấy giờ ở miền Nam lại có những người tôi giỏi giúp rập như các ông Nguyễn Hữu Dật, ông Đào Duy Từ, và ông Nguyễn Hữu Tiến đều là người có tài trí cả.
Nguyễn Hữu Dật là người làng Gia Miêu, huyện Tống Sơn, tỉnh Thanh Hóa, học rộng, tài cao, và lại có tài hùng biện, đánh giặc giỏi, thật là một bậc văn võ kiêm toàn.
Đào Duy Từ là người làng Hoa Trai, huyện Ngọc Sơn, phủ Tĩnh Gia, tỉnh Thanh Hóa. Vì ông là con nhà xướng hát cho nên không được đi thi, ông phẫn trí mới đi vào miền Nam tìm đường lập công, nhưng chưa gặp được người tiến cử cho, bèn vào ở chăn trâu cho một nhà phú gia ở làng Tùng Châu, phủ Hoài Nhân (nay là Bình Định). Ông làm bài "Ngọa Long Cương" để tự ví mình với ông Gia Cát Lượng. Sau có quan Khâm Lý là Trần Đức Hòa biết Duy Từ là người có tài, đem về nuôi, và gả con gái cho, rồi đưa dâng chúa Sãi. Chúa dùng làm Nội tán, phong làm Lộc Khê Hầu.
Nguyễn Hữu Tiến cũng là người Thanh Hóa, làng Vân Trai, huyện Ngọc Sơn, võ nghệ tinh thông, dùng binh rất có kỷ luật, thật là một người làm tướng có tài vậy.
Những người ấy giúp chúa Nguyễn, bày mưu định kế, luyện tập quân lính, xây đồn đắp lũy để chống với quân họ Trịnh.
Khi những đồn lũy đã kiên cố, binh lương đã đủ rồi, chúa Sãi mới ra mặt không thần phục họ Trịnh nữa, và sai tướng ra chiếm giữ lấy đất Nam Bố Chính là đất ở phía nam sông Linh Giang để làm chỗ chống giữ. Từ đó họ Trịnh và họ Nguyễn đánh nhau tai hại trong khoảng 45 năm ở đất Quảng Bình, Hà Tĩnh bây giờ.