Nguyễn Huệ đã dứt được họ Trịnh rồi, vào thành Thăng Long, xuống lệnh cấm quân lính không được cướp phá dân gian, và định ngày xin yết kiến vua Lê ở đền Vạn Thọ.
Bấy giờ vua Hiển Tông đang đau, không ngồi dậy tiếp được, ngài mời Nguyễn Huệ vào ngồi gần sập ngự, lấy lời ôn tồn mà phủ dụ. Nguyễn Huệ tâu bày cái lẽ đem binh rà phù Lê diệt Trịnh, chứ không dám có ý dòm ngó gì. Vua mừng rỡ mà tạ Nguyễn Huệ.
Khi quân Tây Sơn ra đến Thăng Long, các quan triều thần chạy trốn cả, chỉ còn có mấy người nội giám ở lại hầu hạ vua. Nguyễn Hữu Chỉnh thấy vậy vào tâu với vua xin xuống chiếu tuyên triệu các quan về triều; được mấy hôm có độ mươi người lục tục kéo nhau trở về. Vua bèn định đến ngày mồng 7 tháng 7 lập đại trào ở điện Kính Thiên, Nguyễn Huệ đem các tướng và lạy và dâng sổ quân sĩ, dân đinh, để tỏ rõ cái nghĩa tôn phù nhất thống, nghĩa là tự đó về sau nhà Lê có quyền tự chủ.
Vua phong cho Nguyễn Huệ làm Nguyên Soái Uy Quốc Công, và lại gả cho bà Ngọc Hân Công Chúa là con gái của ngài. Chẳng bao lâu vua Hiển Tông mất, Hoàng Tôn là Duy Kỳ lên nối ngôi, đặt niên hiệu là Chiêu Thống.
Nguyên lúc trước vua Tây Sơn là Nguyễn Nhạc vốn không có ý ra đánh Bắc Hà, đến khi tiếp được thư của Nguyễn Huệ nói sắp ra đánh ngoài Bắc, Nguyễn Nhạc vội vàng sai người ra Thuận Hóa ngăn lại. Nhưng khi sứ thần ra đến nơi, thì Nguyễn Huệ đã cử binh đi rồi. Sau lại tiếp được thư nói rằng quân Tây Sơn đã lấy được Thăng Long rồi, và còn phải ở lại để giúp nhà Lê. Nguyễn Nhạc sợ em ở lâu ngoài Bắc Hà có sự biến chăng, bèn đem 500 quân ra Thuận Hóa, rồi lấy thêm 2000 quân, đi không kỳ ngày đêm ra Thăng Long.
Vua Chiêu Thống được tin vua Tây Sơn ra Bắc, bèn đem bách quan ra đón ở ngoài Nam Giao. Nhưng Nguyễn Nhạc cứ đi thẳng, rồi cho người đến nói rằng: xin để ngày khác tiếp kiến. Được mấy hôm Nguyễn Nhạc mời vua Chiêu Thống sang phủ đường là lễ tương kiến. Nguyễn Nhạc ngồi giữa, vua Chiêu Thống ngồi bên tả, Nguyễn Huệ ngồi bên hữu, các quan văn võ đứng hầu hai bên.
Khi vào làm lễ xong rồi, vua Chiêu Thống xin nhường mấy quận để khao quân. Nguyễn Nhạc nói rằng: "Vì họ Trịnh hiếp chế, cho nên chúng tôi ra giúp nhà vua; nếu bằng đất nước họ Trịnh thì một tấc cũng không để lại, nhưng mà của nhà Lê thì một tấc cũng không dám lấy. Xin mong nhà vua gắng sức làm việc, giữ yên cõi đất, để đời đời giao hiếu với nhau, ấy là cái phúc của hai nước đấy."
Đoạn rồi vua Chiêu Thống về điện, hôm sau anh em Tây Sơn bàn rút quân về Nam, và thấy Nguyễn Hữu Chỉnh là người giảo quyệt, định bỏ lại ở Bắc Hà, bèn mật truyền cho các tướng thu xếp quân thủy bộ, kho tàng có gì lấy hết, rồi đến nửa đêm ngày 17 tháng 8, kéo quân về Nam. Sáng hôm sau Nguyễn Hữu Chỉnh biết Tây Sơn về rồi, sợ hãi lắm, hoảng hốt bỏ cả đồ đạc, chạy xuống chiếc thuyền buôn vào Nghệ An, theo vua Tây Sơn. Nguyễn Nhạc thấy Hữu Chỉnh lại theo về, không nỡ bỏ, cho ở lại cùng với Nguyễn Duệ giữ đất Nghệ An.
Bấy giờ quyền bính ở đất Bắc Hà về cả vua nhà Lê, thật là một cơ hội ít có để lập lại cái nền tự chủ của nhà Lê, nhưng tiếc vì vua Chiêu Thống không có tài quyết đoán, mà đình thần lúc bấy giờ không có ai là người biết kinh luân: hễ thấy có giặc thì bỏ chạy, giặc đi rồi thì kéo nhau ra bàn ngược bàn xuôi, người thì định lập lại nghiệp chúa, kẻ thì muốn tôn phù nhà vua. Lại có dòng dõi họ Trịnh là Trịnh Lệ và Trịnh Bồng chia đảng ra đánh nhau để tranh quyền. Vua Chiêu Thống bất đắc dĩ phải phong cho Trịnh Bồng làm Án Đô Vương, lập lại phủ Chúa. Đảng họ Trịnh lại toan đường hiếp chế nhà vua, vua Chiêu Thống phải xuống mật chiếu vời Nguyễn Hữu Chỉnh ra giúp.
Nguyễn Hữu Chỉnh từ khi trở về Nghệ An, chiêu mộ dũng sĩ, ngày đêm luyện tập, nhân có chiếu nhà vua gọi vào, bèn thu xếp được hơn một vạn quân ra giúp vua Lê. Trịnh Bồng đem quân ra chống giữ, đánh thua phải bỏ chạy. Hữu Chỉnh vào yết kiến vua Chiêu Thống và chuyên giữ binh quyền.
Trịnh Bồng có khởi binh mấy lần để toan sự khôi phục, nhưng không thành co6ng, cho nên cũng chán sự đời bèn bỏ đi tu, về sau không biết chết ở đâu. Họ Trịnh mất từ đấy.
Nguyễn Hữu Chỉnh đánh đuổi họ Trịnh đi rồi, vua phong cho chức Đại Tư Đồ Bằng Trung Công. Từ đó Hữu Chỉnh cậy công khinh người, làm lắm điều trái phép, vua cũng lấy làm lo. Nhưng không biết trông cậy vào ai, cho nên đành phải chịu vậy.