Ở trong Nam thì từ khi vua Tây Sơn là Nguyễn Nhạc về Quy Nhơn rồi, tự xưng làm Trung ương Hoàng Đê, phong cho Nguyễn Lữ làm Đông Định Vương ở đất Gia Định, cho Nguyễn Huệ làm Bắc Bình Vương, ở đất Thuận Hóa, lấy Hải Vân Sơn làm giới hạn.
Được ít lâu Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ có chuyện hiềm khích với nhau, Nguyễn Huệ đem binh vào vây đánh thành Qui Nhơn, ngặt đế nỗi Nguyễn Nhạc phải thân lên thành mà kêu khóc, gọi Nguyễn Huệ mà bảo rằng: " Nỡ lòng nào lại nồi da nấu thịt như thế". Nguyễn Huệ động lòng mới giải vây rút quân về Thuận Hóa.
Trong khi anh em Tây Sơn đánh nhau, thì Nguyễn Hữu Chỉnh ra Bắc Hà, đến khi anh em Tây Sơn đã giảng hòa rồi, Nguyễn Huệ ở Phú Xuân thấy Hữu Chỉnh lừng lẫy ở đất Bắc, bèn sai Vũ Văn Nhậm ra bắt.
Tháng 11 năm đinh tị (1787) Vũ Văn Nhậm phá quân Nguyễn Hữu Chỉnh ở Thanh Quyết Giang (làng Thanh Quyết, huyện Gia Viễn), và ở Châu Cầu ( phủ Lý Nhân) rồi đánh đuổi ra đến Thăng Long.
Vua Chiêu Thống thấy quân của Nguyễn Hữu Chỉnh đã thua rồi, bèn bỏ Kinh đô, chạy sang Kinh bắc, và sai Lê Quýnh cùng với hơn 30 người tôn thất đem bà Hoàng Thái Hậu, bà Hoàng Phi và Hoàng Tử lên Cao Bằng. Còn vua thì cùng với Hữu Chỉnh về đóng ở núi Mục Sơn ở đất Yên Thế.
Tướng Tây Sơn là Nguyễn Văn Hòa đem binh lên đánh bắt được Hữu Chỉnh đem về làm tội ở Thăng Long.
Vũ Văn Nhậm giết Nguyễn Hữu Chỉnh rồi, cho đi tìm vua Chiêu Thống không được, bèn tôn Sùng Nhượng Công tên là Lê Duy Cẩn lên làm giám quốc để thu phục lòng người. Bấy giờ các quan không ai theo, Sùng Nhượng Công ở trong điện chỉ có vài người hoàng thân và mấy viên võ tướng, sớm tối hầu hạ.
Tục người trong Bình Định hễ ai đi săn được hươu nai gì thì lột da ra làm nồi mà nấu thịt: ở đây Nguyễn NHạc có ý nói rằng cùng da cùng thịt nỡ nào hại lẫn nhau vậy. không ai tâu hỏi việc gì cả. Ngày ngày cứ đi bộ sang chầu chực bên dinh Vũ Văn Nhậm. Văn Nhậm cũng không biết xử làm sao. Người kinh thành thấy vậy gọi Sùng Nhượng Công là thầy đề lại giám quốc. Khi Bắc Bình Vương Nguyễn Huệ sai Vũ Văn Nhậm ra đánh Nguyễn Hữu Chỉnh thì đã có lòng nghi Vũ Văn Nhậm, cho nên lại sai Ngô Văn Sở và Phan Văn Lân làm tham tán quân vụ để chia bớt binh quyền. Đến khi Văn Nhậm lấy được Thăng Long, bắt được Hữu Chỉnh rồi, có ý cậy tài và ra bộ kiêu ngạo. Ngô Văn Sở đem ý ấy viết thư về nói Vũ Văn Nhậm muốn làm phản. Bắc Bình Vương lập tức truyền lện kéo quân kỵ, đêm ngày đi gấp đường ra Thăng Long, nửa đêm đến nơi bắt Vũ Văn Nhậm giết đi, rồi truyền gọi các quan văn võ nhà Lê cho vào yết kiến, đặt quan lục bộ và các quan trấn thủ, để Lê Duy Cẩn làm giám quốc, chủ trương việc tế lễ, dùng Ngô Thời Nhậm làm Lại Bộ Tả Thị Lang. Còn các quan nhà Lê thì có người ở lại nhận chức, có người trốn đi, cũng có người tuẩn tiết.
Bắc Bình Vương đã đổi đặt quan quân, chỉnh đốn mọi việc xong cả rồi, chọn ngày về Nam, để bọn Ngô Văn Sở ở lại giữ đất Bắc Hà.
Vua Chiêu Thống từ khi thua trận Mục Sơn chạy về núi Bảo Lộc, rồi nay ở Hải Dương, mai ở Sơn Nam, cùng với mấy người trung nghĩa lo sự khôi phục, nhưng vì thế lực mỗi ngày một kém, bề tôi như bọn Đinh Tích Nhưỡng thì giở mặt làm phản, còn thì ai nấy trốn tránh đi mất cả, bởi thế cho nên cơ nghiệp nhà Lê đổ nát vậy.
Nhà Lê kể từ vua Thái Tổ khởi nghĩa, đánh đuổi quân nhà Minh về Tàu, lập lại cái nền tự chủ cho nước nhà, truyền đến vua Chiêu Tông thì họ Mạc cướp mất ngôi. Sau nhờ có họ Nguyễn và họ Trịnh giúp đỡ, nhà Hậu Lê lại trung hưng lên, truyền đến vua Chiêu Thống tức là Mân Đế thì hết.
Nhà Lê làm vua, kể cả Tiền Lê và Hậu Lê, được 360 năm (1428 - 1788), trước sau sửa sang được nhiều việc: sự học hành, việc luật pháp, việc canh nông đều được mở mang ra hơn trước. Nhưng từ khi trung hưng lên trở về sau nhà vua bị họ Trịnh hiếp chế thành ra có vua lại có chúa. Vua ngồi làm vì, chúa giữ cả quyền chính trị. Đến khi nghiệp chúa suy thì ngôi vua cũng đổ vậy.