Khi Trịnh Tùng đã thu phục được thành Thăng long rồi, người nhà Mạc sang kêu với vua nhà Minh rằng họ Trịnh nổi lên tranh ngôi, chứ không phải con cháu nhà Lê. Vua nhà Minh sai quan đến Nam quan khám xét việc ấy.
Tháng 3 năm bính thân ( 1596 ) vua Thế tông sai quan Hộ bộ Thượng thư là Đỗ Uông và quan Đô ngự sử là Nguyễn văn Giai lên Nam quan tiếp quan Tàu. Sau lại sai hai ông hoàng thân là Lê Cánh, Lê Lựu cùng với quan Công bộ tả thị lang là Phùng khắc Khoan đem 10 người kỳ mục, 100 cân vàng, 1,000 cân bạc, cái ấn An nam Đô thống sứ của nhà Mạc và cái ấn An nam quốc vương của vua nhà Lê ngày trước, sang cho quan nhà Minh khám. Nhưng quan nhà Minh lại bắt vua Thế tông phải thân hành sang hội ở cửa Nam quan.
Trịnh Tùng sai Hoàng đình Ái, Nguyễn hữu Liêu đem một vạn quân đi hộ giá, đưa vua sang phó hội. Sang đến nơi, quan nhà Minh lại đòi phải nộp người vàng và ấn vàng như tích cũ, rồi không chịu đến hội. Vua chờ lâu, không xong việc lại phải trở về.
Đến tháng tư năm sau, sứ nhà Minh lại sang mời vua Thế tông lên hội ở Nam quan. Triều đình sai quan Thái úy Hoàng đình Ái đem 5 vạn quân đi hộ giá sang hội ở Nam quan.
Đến khi xa giá về, Trịnh Tùng đem các quan đi đón mừng rồi sai Công bộ tả thị lang Phùng khắc Khoan làm chánh sứ, quan Thái Thường tự khanh Nguyễn nhân Thiệm làm phó sứ, đem đồ lễ sang Yên kinh cống nhà Minh và xin phong.
Vua nhà Minh chỉ phong cho vua Thế tông làm An nam Đô thống Sứ. Ông Phùng khắc Khoan dâng sớ tâu rằng : " Đô thống sứ là chức cũ của họ Mạc, chứ vua nước Nam là dòng dõi họ Lê, mà phong cho chức ấy thì không xứng đáng " . Vua nhà Minh trả lời rằng : vẫn biết họ Lê không ví như họ Mạc, nhưng lúc đầu mới phong hãy tạm cho chức ấy, rồi về sau sẽ phong vương.
Ông Phùng khắc Khoan phải chịu mà về. Từ đó nhà Minh với nhà Lê lại thông sứ như trước.
Từ khi Mạc mậu Hợp và Mạc kính Chỉ bị bắt rồi, con cháu họ Mạc ẩn ở các nơi để mong đường khôi phục. Bấy giờ có Mạc kính Chương xưng làm Tráng vương, chiếm giữ từ huyện Đông triều cho đến đất Yên quảng.
Năm bính thân ( 1596 ) Trịnh Tùng sai quan Trấn thủ Hải dương là Phan Ngạn đánh bắt được Kính Chương.
Lại có người Mạc kính Dụng là con Mạc kính Chi chiếm giữ đất Yên bắc ( Lạng sơn ) xưng làm Uy vương, nhưng cũng chẳng bao lâu bị quân họ Trịnh bắt được.
Còn Mạc kính Cung trước đã chạy sang ở Long châu, sau lại về cùng với đảng mình đánh phá ở đất Cao bằng và đất Lạng sơn. Trịnh Tùng sai quan lên đuổi đánh, nhưng Mạc kính Cung sang kêu với nhà Minh, vua nhà Minh cho đưa thư sang bắt nhà Lê phải để đất Cao bằng cho con cháu họ Mạc.
Nhà Lê bất đắc dĩ phải để đất Cao bằng cho họ Mạc ở.