Đất Nam Kỳ là đất của nhà Nguyễn khai sáng ra, và cũng bởi đấy mà vua Thế Tổ lập nên cơ nghiệp bản triều bây giờ, thế mà lại có sự phản nghịch là tại làm sao? Có phần là tại vua Thánh Tổ không dong thứ cho những kẻ cựu thần, có phần là tại những người gian nịnh muốn chiều ý vua để lấy công, làm ức hiếp người ta, cho nên mới thành ra sự loạn lớn ấy.
Nguyên mấy năm trước, Lê Văn Duyệt làm tổng trấn ở Gia định thành, có uy quyền lắm, mà lòng người ai cũng kính phục. Chỉ vì ông ấy là quan võ, tính khí nóng nảy, lắm khi ở chỗ triều đường tấu đối không được hợp thể, vua Thánh Tổ lấy làm không bằng lòng, nhưng ông ấy là bậc khai quốc công thần, cho nên ngài cũng làm ngơ đi. Đến khi ông ấy mất, thì vua Thánh Tổ bãi chức Tổng Trấn thành Gia Định và đặt chức tổng đốc, tuần phủ, bố chính, án sát, lĩnh binh, như các tỉnh ở ngoài Bắc.
Tỉnh Phiên An (tức là tỉnh Gia Định) có Nguyễn Văn Quế làm tổng đốc, Bạch Xuân Nguyên làm bố chính, Nguyễn Chương Đạt làm án sát. Nhưng Bạch Xuân Nguyên vốn là người tham lam tàn ác; khi đến làm bố chính ở Phiên an, nói rằng phục mật chỉ truy xét việc riêng của Lê Văn Duyệt, rồi đòi hỏi chứng cớ, trị tội bọn tôi tớ của ông Duyệt ngày trước.
Trong bọn ấy có Lê Văn Khôi. Nguyên trước tên ấy gọi là Nguyễn Hữu Khôi, người ở Cao Bằng, nhân cớ khởi binh làm loạn, bị quan quân đuổi đánh, mới chạy vào Thanh Hóa, gặp Lê Văn Duyệt làm kinh lược ở đấy, nó xin ra thú. Ông Duyệt tin dùng cho làm con nuôi, đổi tên họ là Lê Văn Khôi, rồi đem về Gia Định cất nhắc cho làm đến chức Phó Vệ Úy.
Bấy giờ Lê Văn Khôi bị bắt giam, phần thì tức giận, phần thì sợ tội, bèn mưu với mấy người đảng của nó để dấy loạn; ở Gia Định lại có những người có tội ở Bắc Kỳ đem đày vào, hoặc cho làm ăn với dân sự, hoặc bắt làm lính gọi là hồi lương; những lính ấy đều theo tên Khôi cả.
Đến đêm ngày 18 tháng năm, năm quý tị (1833) là năm Minh Mệnh thứ 14, Khôi cùng với 27 người lính hồi lương vào dinh quan Bố, giết cả nhà Bạch Xuân Nguyên, rồi ra gặp quan tổng đốc là Nguyễn Văn Quế đem người đến cứu, chúng cũng giết nốt. Còn quan Án và quan Lãnh thì chạy thoát được.
Bấy giờ những quân kinh đóng ở Phiên An phần nhiều theo về Lê Văn Khôi. Lê Văn Khôi bèn tự xưng làm Đại Nguyên Súy, phong cho đảng mình là bọn Thái Công Triều và Lê Đắc Lực quản trung quân, Nguyễn Văn 185 Đà và Nguyễn Văn Tông quản tiền quân, Võ Vĩnh Tiền và Võ Vĩnh Tài quản hữu quân, Võ Vĩnh Lộc và Nguyễn Văn Bột quản hậu quân, Lưu Tín và Trần Văn Tha quản thủy quân, Nguyễn Văn Tâm và Nguyễn Văn Chân quản tượng quân, v.v.... Lại đặt các quan chức như một triều đình riêng vậy. Đoạn rồi Lê Văn Khôi sai bọn Thái Công Triều đem quân đi lấy các tỉnh thành, chỉ trong một tháng mà 6 tỉnh Gia Định thuộc về giặc cả.
Triều đình được tin ấy, liền sai Tống Phúc Lương làm Thảo Nghịch tả tướng quân và Nguyễn Xuân làm tham tán, sai Phan Văn Thúy làm Thảo nghịch hữu tướng quân, Trương Minh Giảng làm tham tán, cùng với Bình Khấu tướng quân là Trần Văn Năng đem thủy bộ binh tượng vào đánh Lê Văn Khôi.
Khi quan quân vào đến Gia Định không biết tại cớ gì, mà trung quân của ngụy là Thái Công Triều xin về đái tội lập công. Nguyên Thái Công Triều là người ở Thừa Thiên, trước làm quan vệ úy, coi vệ biền binh đóng ở Gia Định, sau theo tên Khôi làm phản. Nay lại trở về với triều đình, đem quân đi đánh Lê Văn Khôi lấy lại các tỉnh.
Lê Văn Khôi biết thế không chống nổi, vào thành Phiên An đóng cửa lại, rồi chia quân ra chống giữ, và lại sai người đi sang Tiêm La cầu cứu. Quân Tiêm nhân dịp ấy, chia làm mấy đạo sang đánh nước Nam. Việc ấy sẽ nói ở mục sau.
Quan quân một mặt thì đánh đuổi quân Tiêm, một mặt thì vây đánh thành Phiên An, Lê Văn Khôi hết sức chống giữ, nhưng đến tháng chạp năm ấy thì phải bệnh chết. Tuy vậy, quân ngụy ở trong thành cứ chống giữ mãi, non ba năm trời quan quân mới hạ được thành.
Thành Phiên An là thành của ông Lê Văn Duyệt xây xong năm Minh Mệnh thứ 11 (1830). Xây toàn bằng đá ong, thành cao và rộng, hào sâu, ở trong thành lại có đủ cả lương thực khí giới, cho nên quan quân đánh thành lần nào cũng bị chết hại nhiều người, mà không lấy được. Mãi đến tháng 7 năm ất tị (1835), quân ngụy ở trong thành đã mỏi mệt lắm rồi, tướng quân là Nguyễn Xuân, và Nguyễn Văn Trọng mới hạ được thành và vào bắt giết quân giặc cả thảy đến 1.831 người, đem chôn vào một chỗ, nay gọi là "mả ngụy". Còn những người thủ phạm thì đóng cũi đem về Kinh trị tội.
Ông J. Silvestre chép truyện Lê Văn Khôi khởi loạn ở Gia Định nói rằng trong 6 người thủ phạm phải đóng cũi giải về Huế, có một ông linh mục, một người khách tên là Mạch Tấn Gia, và một đứa con của Khôi, mới lên 7 tuổi.
Việc ông cố Marchand thì đã nhiều người bàn đi bàn lại: người thì bảo ông ấy có ý muốn làm như ông Bá Đa Lộc, để giúp Lê Văn Khôi lập nên một nước theo đạo Thiên Chúa ở Gia Định, người thì bảo ông ấy bị Lê Văn Khôi bắt vào trong thành. Việc ấy vẫn phân vân không rõ hẳn ra thế nào.
Đến khi về đến Huế thì ông Marchand và 5 người kia đều phải tội lăng trì. Thiết tưởng dẫu thế nào mặc lòng, đem một đứa con vô tội và 2 người ngoại quốc ra làm cái tội thảm hình ấy, thì thật gớm ghê quá. Tục Á Đông ta trước hay dùng những nhục hình như là tội lăng trì, tội ngựa xé, tội voi dày v.v... thì thật là dã man vô cùng, ngày nay ai nghĩ đến cũng phải ghê mình.