Ở Bắc còn đang dẹp loạn Lê Duy Lương chưa xong, thì ở Nam Lê Văn Khôi làm phản, chiếm giữ thành Gia Định. Nguyên tên Khôi là người Bắc, có họ hàng bà con mạn Tuyên Quang, Cao Bằng, bởi vậy nhà vua sai quan tìm bắt anh em của tên Khôi đem về Kinh làm tội. Bấy giờ ở Tuyên Quang có người anh vợ tên Khôi là Nông Văn Vân bị quan bắt bớ, bèn nổi lên đánh phá trong hạt Tuyên Quang, Thái Nguyên, Cao Bằng và Lạng Sơn. Giặc Nông khởi từ tháng 7 năm quý tị (1833) cho đến tháng 3 năm ất mùi (1835) dai dẳng trong non hai năm trời, làm cho quan quân thật là vất vả.
Nông Văn Vân làm Tri châu châu Bảo Lạc. Nhân thấy quan quân tìm bắt họ hàng Lê Văn Khôi, bèn nổi lên tự xưng là Tiết Chế Thượng Tướng 184 Quân, và bắt viên tỉnh phái thích chữ vào mặt rằng: "Quan tỉnh hay ăn tiền của dân", rồi đuổi về.
Nông Văn Vân chia quân ra đánh phá các tỉnh, quan sở tại chống không nổi, phải xin quân cứu viện. Vua Thánh Tổ được tin ấy, bèn sai Sơn Hưng Tuyên Tổng Đốc là Lê Văn Đức làm Tam Tuyên Tổng Đốc Quân Vụ, và sai Hải An thự tổng đốc là Nguyễn Công Trứ làm tham tán, đem quân hội với Ninh Thái Tổng Đốc là Nguyễn Đình Phổ đi tiễu trừ giặc Nông.
Quân giặc vây đánh Cao Bằng và Lạng Sơn ngặt quá, nhà vua lại sai An Tĩnh tổng đốc là Tạ Quang Cự làm tổng thống đại thần, lên đánh ở mạn Cao Bằng và Lạng Sơn.
Nông Văn Vân nhận được chỗ mường mán lắm núi nhiều rừng, bèn chia quân đi tản ra mọi nơi, tìm chỗ hiểm yếu mà ẩn nấp, hễ có quan quân đến, đánh được thì tiến, không đánh được thì lui, cứ ra vào bất trắc, lui tới không nhất định. Quan quân đi đánh thật là khó nhọc và lại hao binh tổn tướng rất nhiều.
Tháng chạp năm quý tị (1833) đạo quân của Tạ Quang Cự giải được vây tỉnh Lạng Sơn và lấy lại được thành Cao bằng. Đạo quân của Lê Văn Đức và Nguyễn Công Trứ vào đến Vân Trung (tức là Bảo Lạc) là chỗ sào huyệt của giặc. Nông Văn Vân phải chạy trốn sang Tàu.
Nhưng mà khi quan quân rút về, thì Nông Văn Vân lại về rủ đảng đánh phá như cũ. Nhà vua lại sai các đạo quân tiến lên phòng giữ các tỉnh mạn ngược.
Đến tháng 9 năm giáp ngọ (1834) Lê Văn Đức và Phạm Văn Điển đi từ Sơn Tây lên Tuyên Quang; Tạ Quang Cự, Nguyễn Tiến Lâm, và Hồ Hữu đi từ Cao bằng; Nguyễn Đình Phổ và Nguyễn Công Trứ đi từ Thái Nguyên, ba mặt quân cùng tiến lên hội tiễu. Quan quân đi đường sá khó khăn, lương thực vận tải không tiện, nhưng mà quân sĩ đều cố hết sức, đi đến đâu quân giặc tan đến đấy. Tháng chạp năm ấy, cả ba đạo cùng đến hội ở Vân Trung, rồi sai người đưa thư sang nói với quan nhà Thanh phòng giữ, đừng cho quân giặc chạy sang bên ấy. Quả nhiên Nông Văn Vân lại chạy sang Tàu, bị quân Tàu đuổi bắt, lại phải trở về Tuyên Quang.
Tháng 3 năm ất mùi (1835), Phạm Văn Điển được tin biết chỗ tên Văn Vân ở, liền đem quân đi đuổi. Văn Vân chạy ẩn vào trong rừng, Phạm Văn Điển bèn vây 4 mặt, rồi phóng hỏa đốt rừng. Văn Vân bị chết cháy. Quan quân chém lấy đầu đem về Kinh báo tiệp.