Nhà thờ cổ tộc Trần tại 21 Lê Lợi là khuôn mẫu nhà thờ tộc tiêu biểu của người Việt từ xưa còn nguyên vẹn hình thể kiến trúc cổ. Nhà thờ tộc được làm bằng vật liệu gỗ, có rèm chạm sát mái, lợp ngói âm dương. Những cánh cửa bằng gỗ thiết kế theo dưới tấm, trên song, liên kết với nhau, che chắn toàn bộ phía trước ngôi nhà. Đỡ ba mái ngói là ba hệ thống rường kèo mang phong cách ba nước: Hoa, Nhật, Việt. Ở phía trên là ba cây dọc tượng trưng cho Kim; Mộc; Thuỷ; Hoả; Thổ, ba cây nằm ngang là ba đường chỉ tay tượng trưng cho Thiên; Địa; Nhân.
Gian thờ phụng là hệ thống kèo Việt Nam, liên kết với hình tam giác với một cây trính và hai cây kèo tạo nên không gian cao và thoáng phía trên. Gian tiếp khách theo kiểu Trung Quốc, không có kèo mà ba cây trính chồng lên nhau, liên kết với ba con đội, đội đòn tay. Hệ thống được gọi là “chồng rường giả thủ”. Nhờ thế “chồng rường giả thủ” mà không gian tuy thấp hơn nhưng vẫn uy nghi, trang trọng, đẽo thành một vòng cung, gọi là kèo vỏ cua, để đỡ lấy đòn tay. Gian hẹp hơn giữ vai trò như cái hiên giữa nhà và sân. Tại đây treo rất nhiều lồng đèn và gắn trên tường, vừa chiếu sáng trong nhà, vừa tỏ cả ngoài sân.
Nhà thờ tộc Trần có kết cấu giản dị như một nhà ở. Gian thờ cúng ở chính giữa, lớn nhất có ba cửa. Hai cửa dành cho nam, nữ tộc. Cửa chính, ở giữa, dành cho ông bà, chỉ mở trong những dịp lễ hội,ngày tết.
Bàn thờ ông bà đặt phía trong, có hình quan Tứ Nhạc mặc triều phục oai nghiêm, với cặp đèn lồng lớn luôn toả sáng. Chiếc lư đồng lớn đặt trước bài vị quanh năm nghi ngút khói hương. Trước kia, những người phụ nữ độc thân khi mất bài vị được trang trí hình hoa hồng. Đàn ông độc thân là chữ thọ. Bàn thờ chính để thờ tộc trưởng và vợ tộc trưởng, bên tay phải thờ người đã có công lập nên nhà thờ, bên tay trái thờ Phật vì hầu như 70% người trong tộc theo Phật.
Đặc biệt gian giữa phòng khách và gian thờ cúng có một ngạch cửa dùng như chướng ngại vật, nhắc nhở mọi người khi vào bên trong phải cúi đầu làm lễ.