Năm ất hợi (1635) chúa Sãi là Nguyễn Phúc Nguyên mất, con là Nguyễn Phúc Lan lên nối nghiệp làm chúa, gọi là chúa Thượng.
Lúc ấy ngươi Ánh ở Quảng Nam nghe tin chúa Sãi mất rồi, anh lên nối nghiệp, bèn phát binh làm phản Bấy giờ có Nguyễn Phúc Khê giúp chúa Thượng, sai quân vào đánh bắt được ngươi Ánh, lấy nghĩa "Anh em là tình riêng, phép nước là nghĩa lớn" đem giết đi.
Trịnh Tráng thấy anh em họ Nguyễn tranh nhau, sai tướng vào đánh đất Nam Bố Chính, giết được tướng họ Nguyễn là Bùi Công Thắng rồi tiến lên đóng ở cửa Nhật Lệ.
Đến năm quý tị (1643) Trịnh Tráng đem đại binh và rước vua Lê vào đất Bắc Bố Chính. Nhưng bấy giờ đang tiết tháng tư, khí trời nóng lắm, quân sĩ chết hại rất nhiều, Trịnh Tráng phải rút về Bắc.