Vua nhà Minh thấy Mộc Thạnh bại binh, lại sai Trương Phụ làm thống binh, Vương Hữu làm phó đem binh sang cứu viện.
Quân nhà Trần bấy giờ chia ra là mấy đạo đi đánh dẹp các châu huyện ở mạn Hải Dương. Giản Định đóng quân ở Hạ Hồng (Ninh Giang), Quý Khoách đóng ở Bình Than.
Khi Trương Phụ sang đến nơi, tiến binh đánh đuổi, Giản Định đem binh thuyền chạy về đến huyện Mỹ Lương (giáp Sơn Tây và phủ Nho Quan) gặp quân Trương Phụ đuổi đến bắt được giải về Kim Lăng.
Giản Định bị bắt rồi, Quý Khoách ở Bình Than sai Đặng Dung đến giữ Hàm Tử Quan (huyện Đông An, Hưng Yên). Nhưng quân của Đặng Dung thiếu lương, phải bỏ chạy. Quý Khoách thấy quân của Đặng Dung đã thua, liệu thế giữ không nổi, bèn bỏ Bình Than chạy về Nghệ An.
Trương Phụ thắng trận, đi đến đâu giết hại quân dân, và làm những điều tàn bạo gớm ghê như là: xếp người thành núi, hoặc rút ruột người treo lên cây, hoặc nấu thịt người để lấy đầu. Còn những người An Nam ai tòng phục nhà Minh mà giết được nhiều người bản quốc thì được thưởng cho làm quan. Thật bấy giờ tha hồ cho bọn hung ác đắc chí!
Năm canh dần (1410) Trần Quý Khoách cùng với bọn Nguyễn Cảnh Dị lại đem quân ra đánh quân Minh ở Hồng Châu, được thắng trận, rồi lại ra đóng ở Bình Than. Ở các nơi lại nổi lên đánh giết quân nhà Minh; nhưng chỉ vì quân không có thống nhiếp, hiệu lệnh bất nhất, cho nên đến khi quân giặc đến đánh, quân nhà Trần lại thua, phải chạy về Nghệ An.
Trương Phụ một mặt đưa chiếu của vua Minh lấy lời giả nhân nghĩa mà dụ quan lại nhân dân, một mặt thì tiến quân vào đánh Trần Quý Khoách.
Tháng tư năm quý tị (1413) Trương Phụ đưa quân đánh Nghệ An, quân Quý Khoách bấy giờ mười phần chỉ còn ba bốn, lương thực lại không có, phải bỏ chạy và Hóa Châu.
Trước Quý Khoách đã mấy lần cho người sang Tàu cầu phong, Minh Đế không cho, đem giết sứ thần đi. Nay Quý Khoách lại sang Nguyễn Biểu ra cầu phong với Trương Phụ . Trương Phụ bắt giữ không cho về. Nguyễn Biểu giận mắng Trương Phụ rằng: " Chúng bay trong bụng thì chỉ lo đường chiếm giữ, ngoài mặt lại giương tiếng đem quân nhân nghĩa đi đánh dẹp; trước thì nói sang lập họ Trần, sau lại đặt quận huyện để cai trị, rồi tìm kế để vơ vét của cải, ức hiếp sinh dân; chúng bay thật đồ ăn cướp hung ngược !" Trương Phụ tức giận đem giết đi.