Bọn Phạm Công Hưng giải được vây rồi, kéo quân vào thành Quy Nhơn, chiếm giữ lấy thành trì và tịch biên cả các kho tàng. Nguyễn Nhạc thấy vậy, tức giận đến nỗI thổ huyết ra mà chết. Ông làm vua được 16 năm.
Vua Cảnh Thịnh ở Phú Xuân thấy Nguyễn Nhạc mất rồi, phong cho Nguyễn Bảo làm Hiến Công, cho ăn lộc một huyện, gọi là tiểu triều rồi để Lê Trung và Nguyễn Văn Huấn ở lại giữ thành Quy Nhơn. Từ đó các tướng Tây Sơn mới hoạt động hơn trước. Tháng ba năm giáp dần (1794) Nguyễn Văn Hưng đem bộ binh vào đánh Phú Yên, và Trần Quang Diệu vào vây thành Diên Khánh.
Đông Cung Cảnh cho người về Gia Định cầu viện, NguyễN Vương bèn đem đại binh đến đánh giải vây. Trần Quang Diệu rút quân về. Nguyễn Vương thấy thế Tây Sơn còn mạnh và lại đến mùa gió bắc, cho nên vương đem Đông Cung về Gia Định; để Võ Tính ở lại giữ thành Diên Khánh.
Tháng giêng năm ất mão (1795) Trần Quang Diệu lại đem quân vào đánh Diên Khánh, Võ Tính hết sức chống giữ, Quang Diệu đánh mãi không được. Đến tháng hai, Nguyễn Vương để Đông Cung ở lại giữ Gia Định, đem thủy sư ra cứu Diên Khánh.
Trong khi hai bên còn đang chống giữ nhau ở đất Diên Khánh, thì ở Phú Xuân các quan đại thần nhà Tây Sơn giết hại lẫn nhau, gây thành mối loạn.
Nguyên từ khi vua Quang Trung mất rồi, vua Cảnh Thịnh lên ngôi, nhưng quyền về cả Thái sư Bùi Đắc Tuyên, các quan có nhiều người oán giận. Năm ất mão (1795) Bùi Đắc Tuyên sai Ngô Văn Sở ra Bắc hà thay cho Vũ Văn Dũng. Văn Dũng về Phú Xuân, đi đến trạm Hoàng Giang gặp quan trung thư lệnh là Trần Văn Kỷ phải tội đày ra ở đấy. Văn Kỷ nhân đang căm tức Bùi Đắc Tuyên, bèn xui Vũ Văn Dũng rằng: "Thái sư ngôi trùm cả nhân thần, cho ai sống được sống, bắt ai chết phải chết; nếu mà không sớm trừ đi, thì rồi có chuyện bất lợi cho nhà nước. Ông nên liệu sớm đi".
Vũ Văn Dũng xưa nay vẫn tin trọng Văn Kỷ, nay thấy nói như vậy, bèn nghe lời ấy, về mưu với Phạm Công Hưng và Nguyễn Văn Huấn, lừa đến đêm đem quân vây nhà Bùi Đắc Tuyên bắt bỏ ngục, rồi sai Nguyễn Văn Huấn vào Quy Nhơn bắt con Đắc Tuyên là Bùi Đắc Trụ, và cho người đưa thư ra Bắc Hà truyền cho quan tiết chết là Nguyễn Quang Thùy (em Nguyễn Quang Toản) bắt giải Ngô Văn Sở về Phú Xuân.
Bọn Vũ Văn Dũng bèn đặt chuyện ra vu cho nhữNg người ấy làm phản, đem dìm xuống sông giết đi. Vua Cảnh Thịnh không sao ngăn giữ được, chỉ gạt nước mắt khóc thầm mà thôi.
Lúc bấy giờ Trần Quang Diệu đang vây thành Diên Khánh, nghe tin ấy, thất kinh, nói với các tướng rằng: "Chúa thượng không phải là người cứng cỏi, để cho đại thần giết lẫn nhau. Nếu trong mà không yên, thì ngoài đánh người ta thế nào được?"
Quang Diệu bèn giải vây rút quân về. Khi về đến Quy Nhơn, Nguyễn Văn Huấn đến tạ tội trước. Trần Quang Diệu không hỏi đến, rồi dẫn quân về đến làng An cựu đóng bên bờ sông mé nam.
Vũ Văn Dũng cùng với nội hậu Tứ cũng đem quân bản bộ ra đóng ở mé bắc bờ sông, ỷ mệnh vua ra cự nhau với Trần Quang Diệu. Vua Cảnh Thịnh sợ hãi sai quan ra khuyên giải cả hai bên, Trần Quang Diệu mới đem các tướng vào chầu, rồi với bọn Vũ Văn Dũng giảng hòa. Từ đó Trần Quang Diệu làm thiếu phó, Nguyễn Văn Huấn làm thiếu bảo, Vũ Văn Dũng làm đại tư đồ, Nguyễn Văn Danh (hay là Nguyễn Văn Tứ) làm đại tư mã, gọi là tứ trụ đại thần. Nhưng chẳng được bao lâu có người
Có nơi chép là trạm Hán Xuyên 165 gièm pha, Trần Quang Diệu bị thu hết cả binh quyền, chỉ được giữ chức tại trièu mà thôi. Thế lực Tây Sơn từ đấy về sau mỗi ngày một kém: trên vua thì còn nhỏ dại, không có đủ uy quyền để sai khiến các quan, dưới tướng tá thì vì lòng ghen ghét rồi cứ tìm cách mà giết hại lẫn nhau. Bởi vậy cho nên đến khi quân Nguyễn Vương ở Nam ra đánh, chẳng phải mất bao nhiêu công phu mà lập nên công lớn vậy.