Tháng chạp năm ất dậu (1225) Trần Cảnh lên làm vua, tức là Trần Thái Tông phong cho Trần thủ Độ làm Thái sư Thống quốc hành quân chinh thảo sự. Bấy giờ vua Thái tông mới có 8 tuổi, việc gì cũng do ở Trần thủ Độ cả. Thủ Độ tuy là một người không có học vấn nhưng là một tay gian hùng, chủ ý cốt gây dựng cơ nghiệp nhà Trần cho bền chặt, cho nên dẫu việc tàn bạo đến đâu, cũng làm cho được. Lý Huệ tông tuy đã xuất gia đia ở chùa rồi nhưng Thủ Độ vẫn định bụng giết đi, cho khỏi sự lo về sau.
Một hôm Huệ tông ngồi nhổ cổ ở sân chùa Chân giáo, Thủ Độ đi qua trông thấy, mới nói rằng: "Nhổ cỏ thì phải nhổ cả rể cái nó đi! " Huệtông nghe thế, phủi tay đứng dậy nói rằng: "Nhà ngươi nói ta hiểu rồi ". Được mấy hôm, Thủ Độ cho người đến mời Huệ tông, Huệ tông biết ý, vào nhà sau thắt cổ tự tận. Thủ Độ đưa bách quan đến tế khóc xong rồi hỏa táng, chôn ở tháp Bảo quang.
Còn Thái hậu là Trần thị giáng xuống làm Thiên cực công chúa để gả cho Trần thủ Độ (Trần thủ Độ và Thiên cực công chúa là hai chị em họ). Bao nhiêu những cung nhân nhà Lý thì đưa gả cho những Tù trưởng các mường.
Thủ Độ đã hại Huệ tông rồi, lại muốn trừ nốt các tôn thất nhà Lý. Đến năm nhăm thìn (1232) nhân làm lễ Tiên hậu nhà Lý ở thôn Thái Đường, làng Hoa lâm (huyện Đông ngạn, tỉnh Bắc ninh), Thủ Độ sai đào hầm, làm nhà lá ở trên, để đến khi các tôn thất nhà Lý vào đấy tế lễ, thì sụt cả xuống hố rồi đổ đất chôn sống cả.
Thủ Độ chỉ lo làm cho thế nào cho ngôi nhà Trần được vững bền, cho nên không những là tàn ác với nhà Lý mà thôi, đến luân thường ở trong nhà, cũng làm loạn cả. Chiêu thánh Hoàng hậu lấy Thái tông đã được 12 năm mà vẫn chưa có con, Thủ Độ bắt Thái tông bỏ đi và giáng xuống làm công chúa, rồi đem người chị bà Chiêu thánh tức là vợ Trần Liễu vào làm Hoàng hậu, bởi vì người chị đã có thai được 3 tháng.
Làm loạn nhân luân như thế, thì tự thượng cổ mới có là một. Trần Liễu tức giận, đem quân làm loạn. Vua Thái tông bị Thủ Độ hiếp chế như thế, trong bụng cũng không yên, đến hôm trốn ra, lên chùa Phù vân, trên núi Yên tử (huyện Yên hưng, tỉnh Quảng yên). Trần thủ Độ biết tin ấy, đem quân thần đi đón Thái tông về. Thái tông không chịu về, nói rằng: "Trẫm còn nhỏ dại, không kham nổi việc to lớn, các quan nên chọn người khác để cho khỏi nhục xã tắc". Thủ Độ nói mãi không nghe, ngảnh lại bảo bác quan rằng: "Hoàng thượng ở đâu là Triều đình ở đấy!" Nói đoạn, truyền sắp sửa xây cung điện ở chùa Phù vân. Quốc sư ở chùa ấy thấy thế, vào van lạy Thái tông về Triều, Thái tông bất đắc dĩ truyền xa giá về Kinh.