Thái tử Sam lên ngôi, tức là vua Huệ tông, rồi sai quan đi rước Trần thị về phong làm Nguyên phi.
Bấy giờ Trần Lý đã bị quân cướp giết, chúng theo về người con thứ là Trần tự Khánh. Huệ tông bèn phong cho tự Khánh làm Chương tín hầu và cho người cậu Trần thị làm Thái úy Thuận lưu bá.
Năm quí dậu (1213) Thái hậu làm khổ Trần thị ở trong cung, anh Trần thị là Tự Khánh đem quân đến chốn kinh sư, nói rằng xin rước vua đi. Huệ tông không biết tình ý gì, nghi Tự Khánh có ý phản nghịch bèn giáng Trần thị xuống làm Ngự nữ. Tự Khánh nghe tin ấy, thân đến quân môn xin lỗi và rước vua đi. Huệ tông càng nghi lắm, bèn cùng với Thái hậu đi lên Lạng châu (Lạng sơn).
Tự Khánh lại phát binh xin rước vua như trước, Huệ tông sợ lại rước Thái hậu về huyện Bình hợp (?).
Khi bấy giờ bà Thái hậu cho Tự Khánh là phản trắc, thường chỉ mặt Trần thị mà xỉ mắng và xui Huệ tông bỏ đi. Huệ tông không nghe. Thái hậu định bỏ thuốc độc cho Trần thị, nhưng Huệ tông biết ý, đến bữa ăn thì ăn một nửa, còn một nửa cho Trần thị ăn và ngày đêm không cho đi đâu. Sau vì Thái hậu làm ngặt quá, Huệ tông và Trần thị đêm bèn lẻn ra đi đến nhà tướng quân Lê Mịch ở huyện Yên duyên rồi lại đến Cửu liên (?), cho đòi Tự Khánh đến chầu.
Trần tự Khánh đem quân đến hộ giá. Huệ tông phong Trần thị làm Hoàng hậu, Tự Khánh làm Phụ chính và người anh Tự Khánh là Trần Thừa làm Nội thị Phân thủ. Trần tự Khánh cùng với Thượng tướng quân là Phân Lân sửa sang quân ngũ, làm đồ chiến khí, luyện tập việc võ. Từ đấy quân thế lại nổi dần dần lên.
Huệ tông phải bệnh, thỉnh thoaảng có cơn điên, rồi cứ uống rượu say cả ngày, có việc chính trị đều ở tay Tự Khánh quyết đoán cả.
Đến tháng chạp năm quí mùi (1228) Tự Khánh mất, Huệ tông cho Trần Thừa làm Phụ quốc Thái úy, sang năm sau lại cho người em họ Hoàng hậu là Trần thủ Độ làm Điện tiền chỉ huy sứ. Từ đó việc gì ở trong triều cũng quyền ở Thủ Độ cả.
Huệ tông có bệnh mãi không khỏi, mà Thái tử thì chưa có, Trần thị thì chỉ sinh được hai người con gái, người chị là Thuận thiên công chúa thì đã gả cho Trần Liễu là con trưởng của Trần Thừa; con người em là Chiêu thánh công chúa tên là Phật kim thì mới lên 7 tuổi, Huệ tông yêu mến lắm, cho nên mới lập làm Thái tử. Tháng 10 năm giáp thân (1224) Huệ tông truyền ngôi cho Chiêu thánh công chúa, rồi vào ở chùa Chân giáo.
Huệ tông trị vì được 14 năm.