Nhân tông không có con, lập con của hoàng đệ là Sùng hiền hầu lên làm thái tử, nay lên nối ngôi, tức là vua Thần Tông.
Bấy giờ có các quan đại thần là bọn ông Trương Bá Ngọc, Lưu Khánh Đàm, Dương Anh Nhị giúp Thần tông trị nước. Ngài vừa lên ngôi thì đại xá cho các tù phạm, và trả lại những ruộng đất tịch thu của quan dân ngày trước. Quân lính thì cho đổi phiên, cứ lần lượt 6 tháng một, được về làm ruộng. Như thế việc binh không làm ngăn trở việc canh nông.
Giặc giã thời bấy giờ cũng ít. Một hai khi có người Chân lạp và người Chiêm thành sang quấy nhiễu ở mạn Nghệ An, nhưng đó là những đám cướp phá vặt vãnh không mấy nỗi mà quan quân đánh đuổi đi được.
Thần Tông làm vua được 10 năm thì mất, thọ 23 tuổi.