Khi quân nhà Nguyễn ra vây đánh thành Quy Nhơn, vua Tây Sơn sai Trần Quang Diệu và Vũ Văn Dũng đem binh vào cứu, nhưng vì quân cuả Văn Dũng không đánh 166 mà tan, đến nỗi bại binh. Việc ấy là tội Văn Dũng, nhưng nhờ có Quang Diệu giấu đi, cho nên không ai biết. Văn Dũng cảm ơn ấy, cho nên mới kết nghĩa sinh tử với Quang Diệu.
Bấy giờ ở Phú Xuân có nhiều người ghét Quang Diệu, nhân dịp ấy mà đổ tội cho Quang Diệu, bèn tâu vua xin sai người đưa mật thư ra cho Vũ Văn Dũng để giết Quang Diệu. Vũ Văn Dũng tiếp được thư ấy đưa cho Trần Quang Diệu xem. Trần Quang Diệu sợ hãi, lập tức đem quân về Phú Xuân, đóng ở mé nam sông Hương Giang, nói rằng về bắt những người loạn thần. Vua Tây Sơn sai người ra giảng hòa. Không ai dám đi, sau phải bắt mấy người nộp cho Quang Diệu. Quang Diệu mới vào chầu. Vua Cảnh Thịnh cũng tìm lời giảng dụ, khuyên phải hết sức giúp đỡ nhà nước.
Quang Diệu khóc lạy rồi xin cùng Văn Dũng đem thủy bộ quân vào lấy lại thành Quy Nhơn. Đến tháng giêng năm canh thân (1800), quân của Trần Quang Diệu và Vũ Văn Dũng tiến đến gần thành Quy Nhơn. Võ Tính giữ vững, không ra đánh. Quang Diệu sai đắp lũy chung quanh thành và chia quân ra vây bốn mặt. Văn Dũng thì đem hai chiếc tàu lớn và hơn 100 chiến thuyền ra đóng giữ cửa Thị Nại, xây đồn và đặt súng đại bác ở hai bên cửa bể, để phòng ngự thủy quân nhà Nguyễn.
Nguyễn Vương được tin quân Tây Sơn ra vây thành Bình Định, liền cử đại binh ra cứu viện, sai Nguyễn Văn Thành đem Lê Chất, Nguyễn Đình Đắc, Trương Tiến Bảo, chia ra làm ba đạo ra đánh lấy đồn Hội An ở Phú Yên, rồi kéo ra đánh ở Thị Dã (thuộc Bình Định). Nguyễn Vương đem thủy binh ra đến Quy Nhơn đóng thuyền ở ngoài cửa Thị Nại. Bấy giờ quân bộ của Nguyễn Văn Thành và quân thủy của Nguyễn Vương không thông được với nhau, cho nên sự cứu viện không có công hiệu gì cả.
Đến tháng giêng năm tân dậu (1801), Nguyễn Vương sai Nguyễn Văn Trương, Tống Phúc Lương đem quân tiền đạo đến đánh đồn thủy của Tây Sơn, và sai Lê Văn Duyệt, Vũ Di Nguy đem thủy quân vào đánh cửa Thị Nại. Vũ Di Nguy trúng đạn chết, còn Lê Văn Duyệt ra sức xông đột, đốt được cả tàu và thuyền của Tây Sơn.
Tướng Tây Sơn là Vũ Văn Dũng phải bỏ cửa Thị Nại đem binh về hợp với Trần Quang Diệu để phòng giữ mọi nơi.
Nguyễn Vương lấy được cửa Thị Nại rồi, cho người đưa tin về Gia Định báo cho tướng sĩ các nơi đều biết. Năm ấy Đông Cung Cảnh lên đậu, mất ở Gia Định, thọ được 22 tuổi. Được một tháng hoàng tử thứ hai tên là Hi cũng mất ở Diên Khánh, đem về táng ở Gia Định.