Trong khi Nguyễn Vương còn phải nương náu ở đất Tiêm La, ông Nguyễn Huệ tiến binh ra Bắc Hà giết Trịnh Khải, tôn vua Lê, rồi về được phong là Bắc Bình Vương, đóng ở Phú Xuân. Ông Nguyễn Nhạc xưng là Trung Ương Hoàng Đế, phong cho Nguyễn Lữ làm Đông Định Vương vào giữ đất Gia Định.
Nhưng chẳng được bao lâu, Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ không hòa với nhau. Nguyễn Nhạc đem quân Phú Xuân vào vây thành Quy Nhơn nguy cấp lắm. Nguyễn Nhạc phải vời đô đốc Đặng Văn Chân đem quân ở Gia Định ra cứu.
Từ đó quân thế của Tây Sơn ở Gia Định đã kém, ở các nơi lại có nhiều đảng theo về chúa Nguyễn, rồi nổi lên đánh phá, làm cho quân Tây Sơn càng ngày càng khó giữ. Vả trong mấy anh em Tây Sơn chỉ có Nguyễn Huệ là anh hùng kiệt hiệt hơn cả, mà đã ra chuyên giữ mặt bắc, thì công việc mặt nam phó mặc Nguyễn Lữ là người tầm thương, cho nên thế Tây Sơn ở mặt ấy thành ra suy nhược.
Lúc bấy giờ Nguyễn Vương ở Tiêm La vẫn có người đi về tin tức, biết có cơ hội lấy được đất Gia Định, mà cũng biết rằng người Tiêm La vẫn không giúp được cho mình lại còn có bụng ghen ghét: như năm đinh mùi (1787) có người Bồ Đào Nha đưa quốc thư cho Nguyễn Vương xin đem binh và thuyền ở thành Goa lại giúp. Vua Tiêm La biết việc ấy làm không bằng lòng, Nguyễn Vương phải từ chối và tạ ơn người Bồ Đào Nha.
Đến khi được tin rằng đất Gia Định có thể lấy được, Vương bèn để thư lại từ tạ vua Tiêm La, rồi nửa đêm đem vương mẫu và cung quyến xuống thuyền về nước. Bấy giờ là tháng bảy năm đinh mùi (1787).
Nguyễn Vương đi qua đảo Cổ cốt có người nhà Thanh tên là Hà Hỉ Văn thuộc về Thiên Địa Hội đem mấy người đến xin theo giúp. Vương về
đất thuộc địa của Bồ Đào Nha ở Ấn Độ đến Hà Tiên cho người đưa vương mẫu và cung quyến ra ở Phú Quốc, rồi cùng mọi người về đóng ở Long Xuyên.
Lúc bấy giờ Nguyễn Vương đi đến đâu, những người hào kiệt ra theo rất nhiều lại có tướng Tây Sơn là Nguyễn Văn Trương đem 300 quân, 15 chiếc thuyền ra hàng. Qua tháng 6, vương vào cửa Cần Giờ, quân thế to lắm, Đông Định Vương Nguyễn Lữ khiếp sợ để quan thái phó Phạm Văn Tham ở lại giữ thành Sài Gòn rồi lui về đóng ở Lạng Phụ, thuộc Biên Hòa.
Nguyễn Vương sai người trá làm một cái thư của Nguyễn Nhạc gửI cho Nguyễn Lữ, trong thư bảo phải giết Phạm Văn Tham đi, rồi vương sai người giả tảng đưa lầm cho Phạm Văn Tham, Phạm Văn Tham bắt được cái thơ ấy sợ hãi, lập tức về Lạng Phụ để phân giải tình oan với Nguyễn Lữ, nhưng Nguyễn Lữ thấy tự nhiên Phạm Văn Tham kéo quân đến, lại có cờ trắng đi trước, tưởng là Văn Tham đã hàng nhà Nguyễn rồi, vội vàng bỏ thành chạy về Quy Nhơn, được ít lâu thì mất.
Phạm Văn Tham trở về giữ thành Gia Định đánh phá được quân nhà Nguyễn. Nguyễn Vương phải rút quân về miền Mỹ Tho, chỉ còn được 300 quân và vài mươi chiếc thuyền, thế lực đã núng lắm. Nhưng nhờ có mộ thêm được mấy nghìn quân Cao Miên và lại có mấy toán quân Tây Sơn về hàng, cho nên quân thế mới hơi vững.
Bấy giờ lại nhờ có Võ Tính là tướng giỏi ra giúp, cho nên Nguyễn Vương lại tiến lên đánh Nước Xoáy, Phạm Văn Tham lùi về đóng ở Ba Thắc.
Võ Tính là người ở Biên Hòa, có người anh tên là Võ Nhân làm thuộc tướng Đỗ Thanh Nhân. Sau Đỗ Thanh Nhân bị giết, Võ Nhân tụ quân Đông Sơn làm phản, đánh lại chúa Nguyễn, nhưng chẳng bao lâu cũng bị bắt, phải giết. Võ Tính mới đem dư đảng Đông Sơn của anh về giữ Vườn Trầu (thuộc Gia Định), rồi sau lại về đóng ở Gò Công, xưng là Tổng Nhung, thủ hạ có mấy vạn người, quân Tây Sơn đã bị đánh phá nhiều lần, thường nói rằng: "Trong bọn tam hùng đất Gia Định, Võ Tính là anh hùng bậc nhất, không nên phạm đến". Khi Nguyễn Vương ở Tiêm La về có sai Nguyễn Đức Xuyên đến dụ Võ Tính về giúp. Đến khi Nguyễn Vương về đóng ở Nước Xoáy, Võ Tính đem bộ hạ đi đuổi đánh Phạm Văn Tham, rồi đến tháng tư năm mậu thân (1788) mới đem Võ Văn Lượng, Nguyễn Văn Hiếu, Mạc Văn Tô, Trần Văn Tín đến hành tại bái kiến Nguyễn Vương. Nguyễn Vương mừng rỡ, phong cho làm Tiền Phong Dinh Chưởng Cơ và lại gả cho bà Ngọc Du Công Chúa là em gái. Bọn Võ Văn Lượng đều được phong làm cai cơ.
Qua tháng 7 năm ấy (1788) Nguyễn Vương đem quân về đóng ở Ba Giồng, rồi sai Tôn Thất Hội và Võ Tính đem binh vào đánh quan đốc chiến Tây Sơn là Lê Văn Minh ở đồn Ngũ Kiều, đốt phá cả đồn trại, bắt được tướng sĩ rất nhiều. Lại có tướng là Nguyễn Văn Nghĩa phá được quân Tây Sơn ở Lộc Dã (tức là Đồng Nai). Tháng tám thì Nguyễn Vương vào thành Gia Định, chiêu yên trăm họ, sửa sang phép tắc và phong thưởng cho các tướng sĩ.
Bấy giờ quan thái bảo Tây Sơn là Phạm Văn Tham vẫn đóng ở Ba Thắc; vương sai giữ các cửa bể không cho quân Tây Sơn chạy thoát, rồi sai Nguyễn Văn Nhàn sang Tiêm La báo tiệp; sai Nguyễn Văn Nhân và Trương Phúc Giáo ra Phú Quốc đón vương mẫu và cung quyến về Gia Định.
Sang năm kỷ dậu (1789) Phạm Văn Tham ở Ba Thắc đem binh xuống thuyền định ra bể về Quy Nhơn, nhưng Nguyễn Vương đã sai Lê Văn Câu (còn gọi Duân), Tôn Thất Hội, Võ Tính, Nguyễn Văn Trương hợp binh lại đánh ở Hỗ Châu, quân Phạm Văn Tham không phá được vây, lại phải lui về Ba Thắc. Văn Tham chờ không thấy viện binh, liệu thế giữ không nổi, bèn đem binh ra hàng, được ít lâu bị tội phải giết.
Từ đó toàn đất Gia Định thuộc về chúa Nguyễn cả.