Khi Thái Thượng Vương và Tân Chính Vương bị bắt, thì người cháu Thái Thượng Vương là Nguyễn Phúc Ánh, chạy thoát được. Đến khi Nguyễn Lữ và Nguyễn Huệ về Quy Nhơn rồi, Nguyễn Phúc Ánh lại tụ tập những tôi tớ cũ, khởi binh từ đất Long Xuyên, tiến lên đến Sa đéc, và cùng với quan chưởng dinh là Đỗ Thanh Nhân, quan cai đội Lê Văn Câu và các tướng là Nguyễn Văn Hoằng, Tống Phước Khuông, Tống Phước Lương về đánh đuổi tổng đốc Chu, lấy lại thành Sài Côn. Bấy giờ Nguyễn Phúc Ánh mới có 17 tuổi, các tướng đều tôn làm Đại Nguyên Súy, Nhiếp Quốc Chính.
Được ít lâu vua Tây Sơn lại sai tổng đốc Chu, tư khấu Uy, và quan hộ giá Phạm Ngạn đem quân thủy vào đánh Trấn Biên và Phan trấn cùng các miền ở mặt bể. Đỗ Thanh Nhân đem quân Đông Sơn đánh chém được tư khấu Uy, đuổi được quân Tây Sơn đi, ông Nguyễn Phúc Ánh bèn sai Lê Văn Quân đem binh ra đánh lấy thành Bình Thuận và thành Diên Khánh.
Từ khi khôi phục được đất Gia Định rồi, Nguyễn Phúc Ánh sai sứ sang thông với nước Tiêm La, và lại sai Đỗ Thanh Nhân, Hồ Văn Lân đem binh đi đánh Chân Lạp, lập con Nặc Tôn là Nặc In lên làm vua để Hồ Văn Lân ở lại bảo hộ. Ở đất Gia Định thì ngài sửa sang mọi việc: đặt quan cai trị các dinh, định lệ thu thuế để nuôi binh lính, làm chiến thuyền, tập binh mã để phòng bị việc chiến tranh.
Năm canh tí (1780) Nguyễn Phúc Ánh xưng vương hiệu rồi phong cho Đỗ Thanh Nhân làm chức Ngoại Hữu, Phụ Chính, Thượng Tướng Công, và thăng thưởng cho các tướng sĩ. Nhưng sau vì Đỗ Thanh Nhân cậy công lộng quyền, cho nên Nguyễn Vương mới giết đi. Cũng vì việc ấy cho nên Đông Sơn trước đã hết lòng giúp Nguyễn Vương, sau đều bỏ cả, và lại phản lại, thành ra lôi thôI phải đánh dẹp mãi.
Lê Văn Câu là người ở Vĩnh Tường đất Gia Định, trước theo Châu Văn Tiếp sau làm thuộc tướng Đỗ Thanh Nhân.
Tháng 10 năm tân sửu (1781) vua nước Tiêm La là Trịnh Quốc Anh sai tướng là Chất Tri (Chakkri) và Sô Si, hai anh em sang đánh Chân Lạp. Nguyễn Vương sai quan Chưởng cơ là Nguyễn Hữu Thoại và Hồ Văn Lân đem 3000 quân sang cứu. Trong khi quân Nam và quân Tiêm La còn đang chống giữ nhau ở Chân Lạp, thì ở Vọng Các vua nước Tiêm La bắt giam cả vợ con của hai anh em Chất Tri, bởi vậy hai tướng ấy mới giao kết với Nguyễn Hữu Thoại thề phải cứu nhau trong lúc hoạn nạn. Đoạn rồi Chất Tri đem quân về Tiêm La. Ngay lúc ấy ở bên nước Tiêm có giặc nổi lên, vua nước ấy bị ngươi Phan Nha Văn Sản đuổi đi cướp mất ngôi. Chất Trí về đến Vọng Các, sai người đi tìm quốc vương là Trịnh Quốc Anh đem giết đi, và bắt giết cả Phan Nha Văn Sả, rồi tự lập làm vua, xưng là Phật Vương, phong cho em là Sô Si làm đệ nhị vương, cháu là Ma Lạc làm đệ tam vương. Họ Chakkri làm vua đến nay hãy còn, và các vua đều xưng là Rama.
Tháng ba năm nhâm dần (1782) vua Tây Sơn là Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ đem hơn 100 chiếc thuyền vào cửa Cần Giờ, đánh nhau với quân Nguyễn Vương ở Thất Kỳ Giang (tức Ngả Bảy). Trận ấy quân Nguyễn Vương thua to, có người nước Pháp tên là Mạn Hòe (Manuel) làm chủ một chiếc tàu phải đốt tàu mà chết. Nguyễn Vương phải bỏ thành Sài gòn chạy về đất Tam phụ (Ba giồng), rồi ra lánh ở đảo Phú Quốc.
Vua Tây Sơn bình xong đất Gia Định, rút quân về Quy Nhơn, để hàng tướng là Đỗ Nhàn Trập ở lại giữ thành Sài Côn (tức Sài Gòn).
Khi quân Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ về Quy Nhơn rồi, các tướng nhà Nguyễn lại nổi lên đánh quân Tây Sơn. Bấy giờ có Châu Văn Tiếp là người ở Quy Nhơn, nhân lúc loạn, tụ chúng giữ núi Trà Lang (thuộc Phú Yên). Đến khi chúa Nguyễn bỏ Phú Xuân chạy vào Gia Định, Châu Văn Tiếp đem binh ra giúp. Sau chẳng may chúa Nguyễn thất thế ngộ hại, Nguyễn Vương lên nối nghiệp. Văn Tiếp theo giúp, được phong làm chức chưởng cơ, đem binh ra đánh Tây Sơn, bị thua, phải bỏ về giữ Trà Lang. Nay được tin Gia Định lại thất thủ, Văn Tiếp bèn đem quân từ Phú Yên về hợp với quân các đạo, đánh đuổi quân Tây Sơn đi, lấy lại được thành Sài Côn rồi cho người ra Phú Quốc đón Nguyễn Vương về.
Nguyễn Vương về sửa sang mọi việc để chống giữ với Tây Sơn, nhưng qua năm quý mão (1783) vua Tây Sơn lại sai Nguyễn Lữ và Nguyễn Huệ đem binh vào đánh. Nguyễn Vương lại phải rước vương mẫu và cung quyến ra Phú Quốc. Đến tháng 6 năm ấy, Nguyễn Huệ ra đánh Phú Quốc. Nguyễn Vương chạy về Côn Nôn; quân Tây Sơn lại đem thuyền đến vây Côn Nôn; nhưng may nhờ có cơn bão đánh đắm cả thuyền của Tây Sơn, cho nên Nguyễn Vương mới ra khỏi trùng vi, chạy về đảo Cổ Cốt, rồi lại trở về Phú Quốc.