Nguyễn Vượng đã khôi phục được đất Gia Định rồi, nghỉ ngơi hơn một năm để chỉnh đốn mọi việc. Đến tháng tư năm canh tuấn (1790) mới sai quan chưởng tiền quân là Lê Văn Câu đem 5.000 quân thủy và quân bộ ra đánh lấy Bình Thuận, sai Võ Tính và Nguyễn Văn Thành đem quân đi làm tiên phong. Chẳng bao lâu nhà Nguyễn lấy được đất Phan Rí và hạ được thành Bình Thuận. Nhưng vì Lê Văn Câu và Võ Tính hai người không chịu nhau, Nguyễn Vương bèn lưu Lê Văn Câu ở lại giữ Phan Rí, triệu Võ Tính và Nguyễn Văn Thành về Gia Định. Lê Văn Câu đem quân ra đóng ở Phan Rang bị quân Tây Sơn đến vây đánh, phải cho người đi gọi Võ Tính và Nguyễn Văn Thành trở lại cứu, nhưng Võ Tính không chịu trở lại, chỉ có Nguyễn Văn Thành đưa binh đến đánh giải vây rồi cùng Lê Văn Câu về giữ Phan Rí.
Lê Văn Câu lấy điều bại binh ấy làm thẹn, xưng bệnh không ra coi việc binh nữa. Đến khi về Gia Định nghị tội phải cách hết chức tước, Lê Văn Câu uống thuốc độc tự tử. Quân nhà Nguyễn ra đánh Tây Sơn lần ấy không lợi; vả bấy giờ là mùa tháng 7, gió bắc thổi mạnh, cho nên Nguyễn Vương truyền rút quân về Gia Định để đợi mùa gió thuận thì mới đem quân đi đánh nhau, cho nên người đời bấy giờ gọi là giặc mùa.
Năm nhâm tí (1792) tháng ba, nhân khi mùa gió nam thổi mạnh, Nguyễn Vương sai tướng là Nguyễn Văn Trương cùng với Nguyễn Văn Thành, Dayot và Vannier (Nguyễn Văn Chấn) đem chiến thuyền từ cửa Cần Giờ ra đốt phá thủy trại của Tây Sơn ở cửa Thị Nại (cửa Quy Nhơn) rồi lại về.
Tháng ba năm quý sửu (1793) Nguyễn Vương để Đông Cung ở lại giữ đất Gia Định, sai Tôn Thất Hội cùng Nguyễn Huỳnh Đức và Nguyễn Văn Thành đem bộ binh ra đánh Phan Rí. Nguyễn Vương cùng với Nguyễn Văn Trương và Võ Tính đem thủy sư đi đánh mặt bể. Đến tháng năm thì chiến thuyền của Nguyễn Vương vào cửa bể Nha Trang rồi lên đánh lấy phủ Diên Khánh và phủ Bình Khang, sau lại ra đánh lấy phủ Phú Yên.
Mặt thủy, Nguyễn Vương được toàn thắng, còn mặt bộ, thì Tôn Thất Hội chỉ lấy được phủ Bình Thuận mà thôi. Vương bèn sai người đưa thư giục Tôn Thất Hội phải kíp tiến binh lên hội với thủy sư, để hai mặt cùng ra đánh Quy Nhơn.
Khi quân của Nguyễn Vương vào cửa Thị Nại, vua Tây Sơn là Nguyễn Nhạc sai thái tử là Nguyễn Bải, đem binh ra chống giữ. Nguyễn Vương bèn mật sai Võ Tính đem binh lẻn đi hội với toán quân Tôn Thất Hội và Nguyễn Văn Thành để đánh tập hậu. Quân của Nguyễn Bảo bị hai mặt đánh lại, chống không nổi, phải bỏ chạy về Quy Nhơn. Từ đó quân thủy và quân bộ của Nguyễn Vương tương thông được với nhau. Vương bèn sai Tôn Thất Hội, Võ Tính, Nguyễn Huỳnh Đức, Nguyễn Văn Thành đem binh tiến lên đánh thành Quy Nhơn.
Bấy giờ vua Quang Trung đã mất rồi, vua Cảnh Thịnh, tức là Nguyễn Quang Toản, sai quan thái úy là Phạm Công Hưng, quan hộ giá là Nguyễn. Lê Văn Câu là một người công thần đã theo phò Nguyễn chủ trong lúc gian nan, nay cũng bất đắc kỳ tử. 164 Văn Huấn, quan đại tư lệ là Lê Trung và quan đại tự mã là Ngô Văn Sở đem 17.000 bộ binh và 80 con voi đi đường bộ, và sai quan đại thống lĩnh là Đặng Văn Chân đem hơn 30 chiếc thuyền đi đường bể, cả hai đạo cùng tiến vào cứu Quy Nhơn.
Nguyễn Vương thấy viện binh đã đến, liệu thế chống không nổi, rút quân về Diên Khánh (tức là Khánh Hòa bây giờ) rồi về Gia Định. Để Nguyễn Văn Thành ở lại giữ Diên Khánh, Nguyễn Huỳnh Đức ở lại giữ Bình Thuận. Đến tháng 11, Nguyễn Vương lại sai Đông Cung Cảnh và ông Bá Đa Lộc, Phạm Văn Nhân, Tống Phúc Khê ra giữ thành Diên Khánh.