Quý Ly định dời Kinh Đô vào Thanh Hóa cho dễ đường thoán đoạt, bèn sai quan vào xây thành Tây Đô ở động Yên Tôn (nay còn di tích ở xã Yên Tôn, huyện Vĩnh Lộc, tục gọi là Tây Giai). Đến năm bính tí (1396) Quý Ly bắt Thuận Tông phải dời kinh về Tây Độ Qua tháng ba năm sau, Quý Ly lập mưu cho người đạo sĩ vào trong cung xui Thuận Tông nhường ngôi mà đi tu tiên. Thuận Tông phải nhường ngôi cho con, rồi đi tu tiên ở cung Bảo Thanh tại núi Đại Lại (thuộc huyện Vĩnh Lộc, Thanh Hóa).
Quý Ly bắt Thuận Tông nhường ngôi rồi, lập Thái Tử là Án lên làm vua. Thái tử bấy giờ mới có 3 tuổi, tức là Thiếu Đế, niên hiệu là Kiến Tân.
Lê Quý Ly làm phụ chính tự xưng làm Khâm Đức Hưng Liệt Đại Vương, rồi sai người giết Thuận Tông đi.
Bấy giờ triều đình có những người như là Thái Bảo Trần Nguyên Hảng, Thượng tướng quân là Trần Khát Chân lập hội để mưu trừ Quý Ly, chẳng may sự lộ ra, bị giết đến hơn 370 người.
Lê Quý Ly lại xưng là Quốc Tổ Chương Hoàng, ở cung Nhân Thọ, ra vào dùng nghi vệ của Thiên Tử. Đến tháng hai năm canh thìn (1400) Quý Ly bỏ Thiếu Đế rồi tự xưng làm vua thay ngôi nhà Trần.
Nhà Trần làm vua nước Nam ta kể từ Trần Thái Tông đến Trần Thiếu Đế, với 12 ông vua, được 175 năm, công việc trong nước sửa sang được nhiều, chính trị luật lệ đều chỉnh đốn lại, học hành thi cử thì mở mang rộng thêm ra. Lại chống với nhà Nguyên giữ được giang sơn, lấy đất Chiêm Thành mở thêm bờ cõi, thật là có công với nước Nam. Nhưng chỉ có điều luân thường trong nhà thì bậy: cô cháu, anh em, trong họ cứ lấy lẫn nhau, thật là trái với thế tục.
Còn như cơ nghiệp nhà Trần xiêu đổ là tại vua Duệ Tông và vua Nghệ Tông. Dụ Tông thì hoang chơi, không chịu lo gì đến việc nước và lại làm loạn cả cương kỷ để đến nổi dân nghèo nước yếu. Nghệ Tông thì không biết phân biệt hiền gian để kẻ quyền thần được thế làm loạn, thành ra tự mình nối giáo cho giặc, tự mình làm hại nhà mình vậy.