Tháng giêng năm canh thìn (1820), Hoàng Thái Tử húy là Đảm lên ngôi, đặt niên hiệu là Minh Mệnh. Vua Thánh Tổ là một ông vua có tư chất minh mẫn, có tính hiếu học và lại hay làm; phàm có việc gì, ngài cũng xem xét đến, và có châu phê rồi mới được thi hành.
Ngài tinh thâm Nho học, sùng đạo Khổng Mạnh, cho nên không ưa đạo mới, cho là một tả đạo lấy trời thánh ra mà làm mê hoặc lòng dân. Bởi vậy, ngài mới nghiêm cấm và trừng trị những người theo đạo Gia Tô. Về sau có nhiều nhà làm sử, vì ý riêng mà cho ngài là bạo quân, thì thiết tưởng điều ấy không hợp với lẽ công bằng.
Phải biết rằng nước ta từ xưa đến nay, điều gì cũng theo Nho Giáo, lấy tam cương ngũ thường làm căn bản cho sự ăn ở. Vua tôi, cha con, vợ chồng, ấy là cái khóa luân lý củ xã hội mình. Ai tháo cái khóa ấy ra thì cho là không phải loài người nữa. Vậy con phải theo cha, tôi phải theo vua, ai trái với cái đạo ấy ra phải tội nặng, đáng chém giết.
Lúc trong nước mình từ vua quan cho chí dân sự, ai ai cũng lấy cái lý tưởng ấy làm phải, làm hay hơn cả, mà lại thấy có người bỏ đi theo đạo khác, nói những chuyện mà lúc bấy giờ lại không mấy người hiểu rõ ra thế nào thì tất cho là theo tả đạo làm hư hỏng cái phong tục hay của mình. Bởi vậy cho nên nhà vua mới cấm, không cho người trong nước đi theo đạo mới.
Một ông vua nghiêm khắc như Thánh Tổ mà cấm không được, thì tất là phải giết. Trong khi cấm và giết như vậy, là vẫn tưởng mình làm bổn phận làm vua của mình, chớ có biết đâu là mình làm sự thiệt hại cho dân cho nước.
Vả, bao giờ cũng vậy, hễ người ta đã sùng tín một tông giáo nào, thì tất cho cái tông giáo của mình là hay hơn, và cho người theo tông giáo khác là thù nghịch với mình, rồi hễ có quyền thế là làm thế nào cũng dùng cách ấy mà hà hiếp người khác đạo với mình. Cũng vì lẽ ấy, cho nên ngày trước Vua Phillippe II nước I Pha Nho, vua Louis XIV nước Pháp Lan Tây giết hại bao nhiêu người trong nước. Mà chắc rằng lúc bấy giờ các ông ấy cũng tưởng là mình làm điều phải, chớ có biết đâu là mình làm điều trái lẽ.
Vẫn biết rằng sự giết đạo là sự không lành, nhưng phải hiểu cái trí não người Việt Nam ta lúc bấy giờ, không rõ cái tông chỉ đạo Thiên Chúa ra thế nào, cho nên dẫu không phải là vua Thánh Tổ nữa, thì ông vua khác cũng không chắc đã tránh khỏi cái lỗi giết đạo ấy.
Nhà làm sử lại đổ cho vua Thánh Tổ giết Nguyễn Văn Thành, song xét trong các truyện như sách Thực Lục Chính Biên và sách Đại Nam Chính Biên Liệt Truyện thì chỉ thấy chép rằng Nguyễn Văn Thành bị tội phải uống thuốc độc mà tự tử năm Gia Long thứ 15 mà thôi. Còn như vụ án Lê Văn Duyệt và Lê Chất thì có hẹp hòi thật, nhưng khi các ông ấy đã mất rồi, và lại vì có tên Khôi khởi loạn cho nên mới truy tội hai ông ấy mà làm án, chứ lúc hai ông ấy còn sống, thì vua Thánh Tổ, tuy có bụng nghi ngờ, nhưng vẫn không bạc đãi.
Việc ngài giết chị dâu là bà vợ Hoàng Tử Cảnh và các cháu, thì không thấy sách nào chép cả, chỉ thấy một đôi người truyền ngôn như thế mà thôi. Vậy việc ấy thực hư thế nào không rõ.
Còn việc không biết giao thiệp với các nước ngoại dương, thì không phải là cái lỗi riêng một mình ngài. Lúc bấy giờ người mình ai cũng chỉ biết có nước Tàu là văn minh hơn, còn thì cho là man di cả. Phỏng sử có ai là người biết mà nói ở thiên hạ còn có nhiều nước văn minh hơn nữa cũng không ai tin. Bởi thế, hễ thấy người ngoại quốc vào nước mình, thì không những là sợ có sự phản trắc và sợ đem đạo mới vào nước mà thôi, lại còn sợ lây phải cái phong tục dã man nữa, cho nên không muốn giao thông với ngoại quốc làm gì. Như thế thì có nên riêng trách một mình ai không ?
Cái nghĩa vụ làm sử, tưởng nên kê cứu cho tường tận, rồi cứ sự thực mà nói, chứ không nên lấy lòng yêu ghét của mình mà xét đoán. Dẫu người mình ghét mà có làm điều phải, mình cũng phải khen; người mình yêu mà có làm điều trái, mình cũng phải chê. Vua Thánh Tổ là một ông vua chuyên chế, tất thế nào cũng có nhiều điều sai lầm và có nhiều điều tàn ác, nhưng xét cho kỹ, thì thật ngài cũng có lòng vì nước lắm. Trong, lo sửa sang mọi việc, làm thành ra nền nếp chỉnh tề, ngoài, đánh Tiêm dẹp Lào, làm cho nước không đến nỗi kém hèn.
Vậy cứ bình tình mà xét, thì dẫu ngài không được là ông anh quân nữa, thì cũng không phải là ông vua tầm thường; cứ xem công việc của ngài làm thì hiểu rõ.
Vua Thánh Tổ đã 30 tuổi mới lên ngôi vua, cho nên việc triều chính ngài đã am hiểu lắm. Việc gì ngài cũng muốn biết. Có khi xong buổi chầu rồi, ngài đòi một vài quan đại thần lên bàn mọi việc kinh lý và hỏi những sự tích đời xưa, những nhân vật và phong tục ở các nước xa lạ. Ngài chăm xem xét mọi việc, có khi đêm thắp đèn xem chương, sớ, đến trống hai, trống ba mới thôi. Thường thường ngài nói với các quan rằng: Lòng người ai cũng muốn ở yên, mà không muốn sinh sự ra để thay đổi luôn, nhưng lúc trẻ mạnh mà không sửa sang mọi việc, thì rồi đến lúc già yếu, mỏi mệt còn làm gì được. Bởi vậy cho nên trẫm không dám lười biếng lúc nào.
Ở trong triều, thì ngài đặt thêm ra các tự và các viện. Bấy giờ có Nội Các và Cơ Mật Viện là quan trọng hơn cả.
Vua Thánh Tổ thật là hết lòng lo việc chính trị, điều gì ngài cũng xem xét đến, việc gì ngài cũng sửa sang lại, có ý muốn cho nước thịnh dân giàu, nhưng phải mấy năm về sau, trong nước có lắm giặc giã, quan quân phải chinh nam phạt bắc, phải đánh Tiêm, dẹp Lào, thành ra dân sự không được yên nghiệp mà làm
Xét sự giặc giã về đời vua Thánh Tổ là do ở ba lẽ cốt yếu:
Một là khi nhà Nguyễn thất thế ở Nam, quân họ Trịnh thua ở Bắc, nhà Nguyễn Tây Sơn còn phải lo việc trong nước, lúc bấy giờ nước Tiêm La nhân lấy dịp ấy mà giữ quyền bảo hộ nước Chân Lạp và hiếp thế các nước ở đất Lào. Đến khi vua Thế Tổ nhất thống nam bắc, thanh thế lừng lẫy, nước Chân Lạp lại xin về thần phục nước Nam, và các nước Ai Lao, Vạn Tượng, đều sang triều cống nhà Nguyễn. Từ đó nước Tiêm La đối với nước Nam, bề ngoài tuy không ra mặt cừu địch, nhưng bề trong chỉ tìm cách mà sinh sự để cướp lại cái quyền bảo hộ ở Chân Lạp và ở các nước Lào. Bởi vậy cho nên 183 về phía tây và phía nam bao giờ cũng có giặc Tiêm và giặc Lào quấy nhiễu mãi.
Hai là ở Bắc Kỳ tuy đã là thống thuộc về nhà Nguyễn rồi, nhưng còn có người mong nhớ nhà Lê, thỉnh thoảng lại có nơi nổi lên, hoặc muốn khôi phục cho nhà Lê, hoặc để chống cự với quan nhà Nguyễn, bởi thế cho nên ở đất Bắc cứ phải loạn lạc luôn.
Ba là quan lại cứ hay nhũng nhiễu, làm cho lòng người không được thỏa thuận, và trong đám quan trường thường hay có thói bới móc nhau để tâng công tâng cán. Nhà vua lại có tính hẹp hòi, không bao dong cho những kẻ công thần, hay tìm chuyện làm uất ức mọi người, mà ở với thần dân thì nghiêm khắc quá, cho nên mới thành ra nhiều sự rối loạn.
Bởi những lẽ ấy, cho nên ở ngoài thì có giặc Tiêm đánh phá, ở trong thì có ngụy Khôi dấy loạn ở phía nam. Lê Duy Lương và Nông văn Vân dấy binh ở phía bắc. Lúc bấy giờ cũng nhờ có tôi hiền tướng giỏi như Trương Minh Giảng, Tạ Quang Cự, Lê Văn Đức, Nguyễn Công Trứ v.v.... đều ra công đánh dẹp, cho nên không những là giặc trong nước dẹp yên, mà lại thêm được bờ cõi rộng rãi hơn cả những đời trước.