Thượng Hoàng được tin Duệ Tông chết trận rồi, bèn lập con Duệ Tông là Hiễn lên nối ngôi, tức là vua Phế Đế.
Quân Chiêm Thành đã phá được quân An Nam và giết được Duệ Tông rồi, qua tháng sau đem quân sang đánh Thăng Long. Thượng hoàng nghe tin giặc đến, sai tướng ra giữ Đại An hải khẩu. Giặc biết chỗ ấy có phòng bị, đi vào cửa Thần Phù (sông Chính Đại, thuộc huyện Yên Mô, Ninh Bình) rồi lên cướp phá thành Thăng Long, không ai chống giữ được.
Tháng năm năm mậu ngọ (1378) quân Chiêm Thành lại sang đánh đất Nghệ An, rồi lại vào sông Đại Hoàng lên đánh Thăng Long lần nữa.
Quân Chiêm Thành biết nước Nam suy nhược, cứ sang cướp phá. Năm canh thân (1380) lại sang phá ở đất Thanh Hóa, Nghệ An. Vua sai Lê Quý Ly lĩnh thủy binh, Đỗ Tử Bình lĩnh bộ binh vào giữ ở Ngu Giang, huyện Hoằng Hóa (Thanh Hóa). Lê Quý Ly đánh đuổi được quân Chiêm về. Đến năm nhâm tuất (1382) quân Chiêm lại sang đánh ở đất Thanh Hóa. Lê Quý Ly cùng với tướng quân Nguyễn Đa Phương giữ ở bến Thần Đầu (Ninh Bình). Nguyễn Đa Phương phá được quân Chiêm, đuổi đánh đến đất Nghệ An mới thôi.
Từ khi đánh được trận Ngu Giang và trận Thần Đầu, quân thế An Nam đã hơi nổi, cho nên sang tháng giêng năm quý hợi (1383). Thượng hoàng sai Quý Ly vào đến Lại Bộ Nương Loan (tức là cửa Nương Loan bây giờ ở huyện Kỳ Anh, Hà Tĩnh) phải bão đánh nát mất nhiều thuyền, lại phải rút quân về.
Qua tháng sáu năm ấy, Chế Bồng Nga cùng với tướng là La Khải đem quân đi đường sơn lộ ra đóng ở Khổng Mục, đất Quảng Oai. Ở kinh sư nghe tin giặc Chiêm lại sang, Thượng hoàng sai tướng là Mật Ôn ra giữ ở châu Tam Kỳ ở địa hạt Quốc Oai, nhưng Mật Ôn bị quân Chiêm đánh bắt mất. Thượng Hoàng sợ hãi, sai Nguyễn Đa Phương ở lại kinh sư làm đồn giữ thành, rồi cùng với vua chạy sang Đông Ngạn. Bấy giờ có người níu thuyền lại xin Thượng hoàng cứ ở lại kinh sư mà chống giữ với giặc. Thượng hoàng không nghe.
Quân Chiêm Thành bấy giờ ra vào nước Nam ta như đi vào chỗ không người, cho nên trong mấy năm mà vào phá kinh thành 3 lần; ba lần thượng hoàng cùng Đế Hiễn phải bỏ thành mà chạy. Thế mà đến khi giặc về rồi, cũng không sửa sang gì để phòng bị về sau, thật là làm nhục cái tiếng con cháu Trần Hưng Đạo Vương.
Trong nước bấy giờ dân tình đói khổ, nhà vua thì sợ giặc phải đưa của đi chôn ở trên núi Thiên Kiện, tức là núi Kiện Khê, huyện Thanh Liêm. Ở ngoài bờ cõi thì người Chiêm hay vào đánh chỗ này, mai vào phá chỗ khác, nhà nước mỗi ngày một hèn yếu, đến nỗi phải nhờ đến lũ tăng nhân là bọn Đại Nạn Thiền Sư đi đánh giặc Chiêm.
Thuế má thì càng ngày càng nặng. Trước dân An Nam cứ phải định nghạch chịu thuế, sống không kể, chết không trừ, ai đã làm lính, thì cả đời chỉ phải làm lính, chứ không bao giờ được làm quan. Còn những người có điền thổ thì phải đóng tiền, ai không có gì thì thôi. Khi nào có binh sự, thì những người có ruộng, có đồng dâu, hay là có đầm cá phải chịu thóc, tiền và vải, để cho quân dùng. Đến nay giặc giã luôn, kho tàng trống thốc, Đỗ Tử Bình xin với vua bắt mỗi suất đinh mỗi năm phải đóng 3 quan tiền thuế. Thuế thân sinh ra từ đấy.