Chùa Hải Tạng được xây dừng vào năm Cảnh Hưng thứ 19 (1758) ở vị trí cách nơi hiện nay khoản 200m về phía Bắc, vì do bão làm hư hại nặng nề, để thuận tiện cho các tín đồ đến hành lễ nên vào năm Tự Đức nguyên niên (1848) chùa được dời về vị trí hiện nay và tiếp tục được tôn tạo khang trang hơn.
Chùa Hải Tạng - Cù Lao Chàm
Tương truyền các cây cột được làm từ ngoài Bắc đem về làm một chùa nào đó trong Nam nhưng khi về đến Cù Lao Chàm vì trời tối nên phải neo ghe nghỉ lại. Sáng ra, ghe kéo neo đi tiếp, nhưng thật lạ lùng, biển tự dưng sóng dậy, ghe cứ xà quần, tới lui lòng vòng không đi ra khỏi Lao. Sau có người trong đoàn lên cúng xin keo mới biết dàn cột này phải để lại dựng chùa cho Cù Lao Chàm không được đem đi. Vì thế chùa dựng lên lấy tên là Hải Tạng. Hải là biển, Tạng là kinh, ý nói Chùa là nơi hội tụ kinh tạng mênh mông như biển. Một ý khác là Kinh Tạng của Nhà Phật đây được hội tụ từ mọi con đường trên biển.
Bên trong chùa Hải Tạng
Chùa ở vào thế phong thủy lý tưởng, tọa lạc sát chân núi phía Tây của Hòn Lao thuộc Cù Lao Chàm, lưng tựa núi vững chãi, mặt tiền xoay theo hướng Tây – Tây Nam nhìn thẳng vào núi Bà Mộc như thể hòn xôi án ngữ. Đây là hướng nhìn lý tưởng, bởi có sự thông thoáng, tiền hậu, tả hữu phân minh. Ngay dưới chân là đồng ruộng, khu dân cư và mờ xa về đất liền là Đô thị cổ Hội An. Phía Nam có khoảng trống gió lùa trải dài qua Rừng Cấm (nay là Xóm Cấm) đưa hơi nước từ Hòn Nhờn lướt qua trước mặt thổi lên khu dốc Chùa. Theo truyền thuyết, trước đây khu này rừng rậm có nhiều trăn, rắn độc. Vì thế, để an toàn, tường thành bao bọc xung quanh chùa được xây bằng đá, cổng tam quan phía trước gồm 3 lối vào, tam quan tạo dáng vòm, mái lợp ngói âm dương và đắp nhiều con giống. Toàn bộ tam quan cao 5m, rộng nhất 1,5m, dài 6m. Kề ngay đấy là 4 trụ biểu, trên chóp trụ có khối hình hoa sen cánh lật…
Dù thiên nhiên khắc nghiệt, lại phải đương đầu với nhiều trận cuồng phong hàng trăm năm qua nhưng đến nay, công trình chính vẫn vững vàng, bề thế. Tuy nhà Tây đã bị sập hoàn toàn, nhà Đông còn lại phần kiến trúc chính nhưng toàn bộ di tích vẫn toát lên vẻ hào sảng uy nghiêm hiếm thấy ở các di tích khác. Chính điện lợp ngói âm dương, bờ nóc, bờ hồi đắp nổi nhiều đường nét uốn lượn mềm mại, uyển chuyển tạo cảm giác nhẹ nhàng.