Năm bính ngọ (1546) Mạc phúc Hải mất, truyền ngôi lại cho con là Mạc phúc Nguyên, niên hiệu Vĩnh định.
Năm mậu thân (1548) vua Trang tông mất, Trịnh Kiểm lập Thái tử tên là Duy Huyên lên làm vua, được 8 năm thì mất, tức là Trung tông.
Vua Trung tông mất không có con, mà bấy giờ dòng dõi họ Lê cũng không có ai, việc binh quyền thì ở trong tay Trịnh Kiểm cả.
Tục truyền rằng Trịnh Kiểm đã lưỡng lự muốn tự xưng làm vua, nhưng còn chưa dám định hẳn bề nào, các quan cũng không ai biết làm thế nào cho phải. Sau Trịnh Kiểm cho người lẻn ra Hải dương hỏi ông Nguyễn bỉnh Khiêm 98 , tức là Trạng Trình, xem nên làm thế nào.
Ông Nguyễn bỉnh Khiêm không nói gì cả, chỉ ngảnh lại bảo đầy tớ rằng: " Năm nay mất mùa, thóc giống không tốt, chúng mày nên tìm giống cũ mà gieo mạ ". Nói rồi lại sai đầy tớ ra bảo tiểu quét dọn chùa và đốt hương, để ông ra chơi chùa, rồi bảo tiểu rằng: " Giữ chùa thờ Phật thì ăn oản ".
Sứ giả về kể chuyện lại cho Trịnh Kiểm nghe. Trịnh Kiểm hiểu ý, mới cho người đi tìm con cháu họ Lê. Sau tìm được người cháu huyền tôn ông Lê Trừ, là anh vua Thái tổ, tên là Duy Bang, ở làng Bố vệ, huyện Đông sơn, rước về lập lên làm vua.
Ông Nguyễn Bỉnh Khiêm làm quan nhà Mạc, được phong là Trình Quốc Công cho nên mới gọi là Trạng Trình, sau về trí sĩ ở làng Trung An, huyện Vĩnh Lại, tỉnh Hải Dương.
Bấy giờ nhà Lê thì lo đánh họ Mạc để khôi phục lại đất Đông đô, nhà Mạc thì muốn trừ họ Lê để nhất thống thiên hạ. Nhưng từ khi ông Nguyễn Kim mất rồi, và trong mấy năm về đời vua Trung tông, Trịnh Kiểm cứ giữ thế thủ ở đất Thanh hóa, để sửa sang việc binh lương, đợi ngày ra đánh họ Mạc.
Nhà Mạc sai Mạc kính Điển, là chú Mạc phúc Nguyên cầm quân đi đánh họ Lê.
Mạc kính Điển đem binh vào đánh Thanh hóa cả thảy kể hơn mười phen, phen nào cũng phải thua trở về, Trịnh Kiểm cũng ra đánh Sơn nam kể vừa 6 lần, nhưng không có lần nào được toàn thắng. Chỉ có năm kỷ mùi (1559) Trịnh Kiểm đem 6 vạn quân ra đánh mặt Bắc, đã lấy được những tỉnh Sơn tây, Hưng hóa, Thái nguyên, Kinh bắc, Lạng sơn, và các huyện ở mặt Hải dương, tưởng đã sắp thành công, nhưng lại bị Mạc kính Điển đem một đạo quân đi đường bộ vào đánh Thanh hóa nguy cấp lắm, Trịnh Kiểm lại phải bỏ miền Bắc về giữ đất Tây đô. Thành ra hai bên cứ giữ nhau mãi: nhà Lê tuy đã trung hưng, nhưng giang sơn vẫn chưa thu được lại như cũ, mà nhà Mạc có làm vua, thì cũng chỉ làm vua ở miền Bắc mà thôi.
Năm tân dậu (1561) vua nhà Mạc là Phúc Nguyên mất, con là Mạc mậu Hợp lên nối ngôi làm vua.
Việc tranh chiến vẫn cứ như trước: khi thì Trịnh Kiểm ra đánh Sơn nam, khi thì Mạc kính Điển vào đánh Thanh hóa, hai bên không bên nào được hẳn.